Introducción a los datos sobre el cáncer
El Grupo de Biología Computacional del Cáncer aprovecha los conjuntos de datos epi(genéticos) sobre el cáncer para descubrir los mecanismos moleculares que intervienen en el inicio, la progresión, la resistencia a los fármacos y la metástasis del cáncer con el fin de mejorar las perspectivas de los pacientes.
A través del trabajo del grupo, hemos demostrado cómo los genes que modifican la estructura de la cromatina están asociados a la resistencia a la quimioterapia en el cáncer de mama (Nature Medicine, 2019). Nuestro objetivo es entender cómo estas modificaciones epigenéticas afectan a la resistencia a los fármacos y cómo se pueden utilizar los fármacos epigenéticos para abordar los genes supresores de tumores.
También estamos interesados en cómo la integración de conjuntos de datos multiómicos basada en el aprendizaje automático puede ayudar a descubrir nuevos subgrupos y biomarcadores de cáncer, así como a predecir el resultado y la respuesta a los fármacos.
Hemos participado en múltiples consorcios internacionales, como el Atlas del Genoma del Cáncer, la Red del Atlas de Tumores Humanos, el Cancer Target Discovery and Development y, más recientemente, AURORA (cohorte multiómica de cáncer de mama metastásico
- Papel de los elementos reguladores de la cromatina en la respuesta a los fármacos y la metástasis
- Nuevas opciones terapéuticas epigenéticas basadas en la letalidad sintética
- Estratificación de pacientes mediante análisis multiómicos
- Nuevos biomarcadores epigenéticos de respuesta a los fármacos
Jefe de Grupo
José Antonio Seoane
Becarios posdoctorales
Silvana Maas
Bioinformático
Arnau Llinàs
Estudiantes graduados
Mª José Fariña
Estudiantes de máster
Odei Blanco
- DCIS genomic signatures define biology and correlate with clinical outcome: a Human Tumor Atlas Network (HTAN) analysis of TBCRC 038 and RAHBT cohorts
Siri H Strand, Belén Rivero-Gutiérrez, Kathleen E Houlahan, Jose A Seoane, Lorraine King, …,Christina Curtis, Rob Tibshirani, Robert Michael Angelo, Allison Hall, Kouros Owzar, Kornelia Polyak, Carlo Maley, Jeffrey R Marks, Graham A Colditz, E Shelley Hwang, Robert B West
bioRxiv, Jun 2021
10.1101/2021.06.16.448585 - CRISPR screens in cancer spheroids identify 3D growth-specific vulnerabilities
Kyuho Han, Sarah E Pierce, Amy Li, Kaitlyn Spees, Grace R Anderson, Jose A Seoane, Yuan-Hung Lo, Michael Dubreuil, Micah Olivas, Roarke A Kamber, Michael Wainberg, Kaja Kostyrko, Marcus R Kelly, Maryam Yousefi, Scott W Simpkins, David Yao, Keonil Lee, Calvin J Kuo, Peter K Jackson, Alejandro Sweet-Cordero, Anshul Kundaje, Andrew J Gentles, Christina Curtis, Monte M Winslow, Michael C Bassik
Nature, 580(7801):136-141, April. 2020 - Convergent mutations in tissue-specific regulatory regions reveal novel cancer drivers
Nasa Sinnott-Armstrong, Jose A Seoane, Jonathan K Pritchard, Christina Curtis, Michael P Snyder
BioRxiv, Nov. 2020 - Chromatin regulators mediate anthracycline sensitivity in breast cancer
Jose A Seoane, Jacob G Kirkland, Jennifer L Caswell-Jin, Gerald R Crabtree, Christina Curtis
Nature medicine, 25(11):1721-1727, Nov. 2019 - Dynamics of breast-cancer relapse reveal late-recurring ER-positive genomic subgroups
Oscar M Rueda, Stephen-John Sammut, Jose A Seoane, Suet-Feung Chin, Jennifer L Caswell-Jin, Maurizio Callari, Rajbir Batra, Bernard Pereira, Alejandra Bruna, H Raza Ali, Elena Provenzano, Bin Liu, Michelle Parisien, Cheryl Gillett, Steven McKinney, Andrew R Green, Leigh Murphy, Arnie Purushotham, Ian O Ellis, Paul D Pharoah, Cristina Rueda, Samuel Aparicio, Carlos Caldas, Christina Curtis
Nature, 567(7748):399-404, Mar. 2019 - Assessment of ERBB2/HER2 status in HER2-equivocal breast cancers by FISH and 2013/2014 ASCO-CAP guidelines
Michael F Press, Jose A Seoane, Christina Curtis, Emmanuel Quinaux, Roberta Guzman, Guido Sauter, Wolfgang Eiermann, John R Mackey, Nicholas Robert, Tadeusz Pienkowski, John Crown, Miguel Martin, Vicente Valero, Valerie Bee, Yanling Ma, Ivonne Villalobos, Dennis J Slamon
JAMA oncology, 5(3):366-375, Mar. 2019 - The chromatin accessibility landscape of primary human cancers
M Ryan Corces, Jeffrey M Granja, Shadi Shams, Bryan H Louie, Jose A Seoane, Wanding Zhou, Tiago C Silva, Clarice Groeneveld, Christopher K Wong, Seung Woo Cho, Ansuman T Satpathy, Maxwell R Mumbach, Katherine A Hoadley, A Gordon Robertson, Nathan C Sheffield, Ina Felau, Mauro AA Castro, Benjamin P Berman, Louis M Staudt, Jean C Zenklusen, Peter W Laird, Christina Curtis, William J Greenleaf, Howard Y Chang
Science, 362(6413), Oct. 2018 - Canonical correlation analysis for gene-based pleiotropy discovery
Jose A Seoane, Colin Campbell, Ian NM Day, Juan P Casas, Tom R Gaunt
PLoS Computational Biology, 10(10), Oct. 2014 - A pathway-based data integration framework for prediction of disease progression
Jose A Seoane, Ian NM Day, Tom R Gaunt, Colin Campbell
Bioinformatics, 30(6):838-845, Mar. 2014
- Abordar la letalidad sintética en los genes reguladores de la cromatina para el tratamiento del cáncer gastrointestinal. Ref. PID2020-115097RA-I00. Agencia Estatal de Investigación. 9/2021-8/2025. Investigador principal: José A. Seoane
- Beca Ramón y Cajal. Agencia Estatal de Investigación. 2021 -2025.
- El Laboratorio de Biología Computacional del Cáncer comienza en mayo de 2021
- Jose A. Seoane inicia su beca Ramón y Cajal
- Jose A. Seoane recibe una beca del Ministerio de Ciencia e Innovación para explorar el mecanismo de letalidad sintética epigenética
- Se une al consorcio de cáncer de mama metastásico AURORA
- José Liñares se doctoró en diciembre
Este grupo está financiado por CaixaResearch
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