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Grupo de Genómica del Cáncer

Cancer Genomics Group

El Grupo de Genómica del Cáncer del VHIO actúa como laboratorio de tecnología central. También nos dedicamos a la investigación traslacional y al desarrollo de nuevas pruebas genómicas.

Nuestro grupo proporciona aplicaciones de vanguardia en genómica del cáncer mediante el uso de tecnologías innovadoras y el desarrollo de pruebas nuevas y totalmente validadas que se utilizan en el ámbito de la investigación clínica. Nuestro laboratorio está equipado con una plataforma n-Counter (Nanostring), dos plataformas de PCR digital (BEAMing Sysmex y ddPCR, BIO-RAD) y tres secuenciadores NextGen; MiSeq, NextSeq y HiSeq2500, Illumina. También trabajamos con tecnología de Oxford Nanopore.

Nuestro Programa de Diagnóstico Molecular Avanzado (DIAMAV),cuenta con el apoyo de la Fundación FERO. Cada año elaboramos perfiles moleculares de más de 1100 pacientes como posibles candidatos a ser incluidos en nuestros ensayos clínicos de fase I liderados por la Unidad de Investigación en Terapia Molecular del Cáncer (UITM) del VHIO – CaixaResearch. La idoneidad de los pacientes para su inclusión en cualquier ensayo clínico se evalúa según su respectivo perfil genómico o patológico. Hemos desarrollado y aplicado de forma rutinaria varias pruebas para nuestro Programa De Preselección Molecular. Dos de ellas se basan en NGS: un enfoque Amplicon-seq para secuenciar 67 genes, así como un panel de captura de 450 genes (panel VHIO-300). Utilizamos nCounter (Nanostring) para nuestro panel de fusiones de genes basado en el ARN, con capacidad para detectar más de 100 fusiones génicas recurrentes (lo que también nos permite evaluar los patrones de expresión génica en los tumores), y nuestro panel de alteraciones del número de copias, que evalúa un panel de 59 genes con ganancias o pérdidas frecuentes en el cáncer.

Como reflejo de nuestra dedicación a la excelencia y la calidad de los servicios que prestamos, hemos obtenido la acreditación flexible ISO 15189 para nuestras pruebas de Amplicon-seq, así como para nuestro panel de captura de genes VHIO-300. Nuestra actividad investigadora se centra en el desarrollo de nuevas pruebas multiplexadas optimizadas para ácidos nucleicos derivados de FFPE. Una vez desarrolladas, se validan y se utilizan en investigación clínica y traslacional.

También participamos en muchos proyectos de investigación traslacional, entre los que se incluye la identificación de mecanismos de resistencia a terapias dirigidas, así como de biomarcadores predictivos para la inmunoterapia.

Ana Vivancos
Jefa de grupo
  • Desarrollar y aplicar estrategias mejoradas para la preselección rutinaria de pacientes con un gran panel panoncológico en un entorno de excelencia.
  • Proporcionar aplicaciones de vanguardia en genómica del cáncer mediante el uso de tecnologías innovadoras y el desarrollo de protocolos.
  • Dar prioridad a los proyectos y asociaciones traslacionales que refuerzan la reconocida excelencia del VHIO en oncología.
  • Implementar la prueba Guardant 360® DX en biopsia líquida como primer laboratorio de Europa que lleva a cabo el ensayo de Guardant Health.

Figura: Clasificación VIGex de 398 muestras de cáncer metastásico según la expresión génica de nCounter (Nanostring) (69 genes relacionados con la inmunidad). Los valores de la expresión génica se normalizaron con respecto a la mediana geométrica de la expresión de 19 genes de mantenimiento y luego se transformaron en log2 y se centraron en torno a la mediana. A) PCA que muestra los 3 clústeres identificados con el método PAM (partitioning around medoids) (Hot, iCold y Cold). B) Mapa de calor que muestra la expresión génica relativa y los valores de PCA de los 69 genes relacionados con la inmunidad dentro de los grupos Hot, iCold y Cold. C) Gráfico de Kaplan-Meier que muestra el tiempo de progresión de los grupos Hot, iCold y Cold de una cohorte independiente de 58 muestras.

Cancer Genomics Group
Jefa de grupo
Ana Vivancos
Becarios postdoctorales
Alberto González
Ester Castillo
Técnicos especializados
Deborah G. Lo Giacco
Judit Matito
Zighereda Ogbah
Cecilia García Rodríguez
Eva Hernández Illán
Giuseppe Buono
Bioinformáticos
Gustavo Rodriguez
Marina Gómez
Maria Vila
Técnica
Agatha Martín
Técnica de apoyo a la investigación
Jenifer Gonzalez

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  • Brasó-Maristany F, Sansó M, Chic N, Martínez D, González-Farré B, Sanfeliu E, Ghiglione L, Carcelero E, Garcia-Corbacho J, Sánchez M, Soy D, Jares P, Peg V, Saura C, Muñoz M, Prat A, Vivancos A. Case Report: A Case Study Documenting the Activity of Atezolizumab in a PD-L1-Negative Triple-Negative Breast Cancer. Front Oncol. 2021 Sep 20;11:710596.
  • Martinez-Marti A, Felip E, Mancuso FM, Caratú G, Matito J, Nuciforo P, Sansano I, Diaz-Mejia N, Cedrés S, Callejo A, Iranzo P, Pardo N, Miquel JM, Navarro A, Vivancos A, Sansó M. Genetic evolution to tyrosine kinase inhibitory therapy in patients with EGFR-mutated non-small-cell lung cancer. Br J Cancer. 2021 Nov;125(11):1561-1569.
  • Saura C, Matito J, Oliveira M, Wildiers H, Brufksy AM, Waters SH, Hurvitz SA, Moy B, Kim SB, Gradishar WJ, Queiroz GS, Cronemberger E, Wallweber GJ, Bebchuk J, Keyvanjah K, Lalani AS, Bryce R, Vivancos A, Eli LD, Delaloge S. Biomarker Analysis of the Phase III NALA Study of Neratinib + Capecitabine versus Lapatinib + Capecitabine in Patients with Previously Treated Metastatic Breast Cancer. Clin Cancer Res. 2021 Nov 1;27(21):5818-5827.
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  • Frigola J, Navarro A, Carbonell C, Callejo A, Iranzo P, Cedrés S, Martinez-Marti A, Pardo N, Saoudi-Gonzalez N, Martinez D, Jimenez J, Sansano I, Mancuso FM, Nuciforo P, Montuenga LM, Sánchez-Cespedes M, Prat A, Vivancos A, Felip E, Amat R. Molecular profiling of long-term responders to immune checkpoint inhibitors in advanced non-small cell lung cancer. Mol Oncol. 2021 Apr;15(4):887-900.
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  • Vivancos A, Élez E, Salazar R.Circulating cell-free DNA as predictor of treatment failure after neoadjuvant chemoradiotherapy before surgery in patients with locally advanced rectal cancer: is it ready for primetime? Ann Oncol.29: 532-534.
  • Capdevila J,Mayor R; Mancuso FF, Iglesias C; Caratù G, Matos I, Zafón C, Hernando J, Petit A, Nuciforo P, Cameselle-Teijeiro JM, Álvarez C, Recio JA, Tabernero J, Matias-Guiu X, Vivancos A, Seoane J.Early evolutionary divergence between papillary and anaplastic thyroid cancers. Ann Oncol.29: 1454-1460.
  • Cedrés S, Felip E, Cruz C, Martinez de Castro A, Pardo N, Navarro A, Martinez-Marti A, Remon J, Zeron-Medina J, Balmaña J, Llop-Guevara A, Miquel JM, Sansano I, Nuciforo P,Mancuso F, Serra V, Vivancos A. Activity of HSP90 Inhibiton in a Metastatic Lung Cancer Patient With a Germline BRCA1 Mutation. J Natl Cancer Inst.110: 914-917.
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  • Martínez-Ricarte F, Mayor R, Martínez-Sáez E, Rubio-Pérez C, Pineda E, Cordero E, Cicuéndez M, Poca MA, Lopez-Bigas N, Ramón Y Cajal S, Vieito M, Carles J, Tabernero J,Vivancos A, Gallego S, Graus F, Sahuquillo J, Seoane J. Molecular Diagnosis of Diffuse Gliomas through Sequencing of Cell-Free Circulating Tumor DNA from Cerebrospinal Fluid.Clin Cancer Res.24: 2812-2819.

Todas las publicaciones

  • Targeted multiplex proteomics for molecular prescreening and biomarker discovery in metastatic colorectal cancer. Serna G, Ruiz-Pace F, Cecchi F, Fasani R, Jimenez J, Thyparambil S, Landolfi S, Elez E, Vivancos A, Hembrough T, Tabernero J, Dienstmann R, Nuciforo P. Sci Rep. 2019 Sep 19;9(1):13568.
  • Early evolutionary divergence between papillary and anaplastic thyroid cancers. Capdevila J, Mayor R, Mancuso FM, Iglesias C, Caratú G, Matos I, Zafón C, Hernando J, Petit A, Nuciforo P, Cameselle-Teijeiro JM, Álvarez CV, Recio JA, Tabernero J, Matias-Guiu X, Vivancos A, Seoane J. Ann Oncol. 2019 Nov 1;30(11):1843.
  • Impact of circulating tumor DNA mutant allele fraction on prognosis in RAS-mutant metastatic colorectal cancer.Elez E, Chianese C, Sanz-García E, Martinelli E, Noguerido A, Mancuso FM, Caratù G, Matito J, Grasselli J, Cardone C, Esposito Abate R, Martini G, Santos C, Macarulla T, Argilés G, Capdevila J, Garcia A, Mulet N, Maiello E, Normanno N, Jones F, Tabernero J, Ciardello F, Salazar R, Vivancos A. Mol Oncol. 2019 Sep;13(9):1827-1835.
  • Comparison of the Clinical Sensitivity of the Idylla Platform and the OncoBEAM RAS CRC Assay for KRAS Mutation Detection in Liquid Biopsy Samples. Vivancos A, Aranda E, Benavides M, Élez E, Gómez-España MA, Toledano M, Alvarez M, Parrado MRC, García-Barberán V, Diaz-Rubio E. Sci Rep. 2019 Jun 20;9(1):8976.
  • Genomic heterogeneity and efficacy of PI3K pathway inhibitors in patients with gynaecological cancer. Rodriguez-Freixinos V, Ruiz-Pace F, Fariñas-Madrid L, Garrido-Castro AC, Villacampa G, Nuciforo P, Vivancos A, Dienstmann R, Oaknin A. ESMO Open. 2019 Mar 8;4(2):e000444.
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  • Martinez-Marti A, Felip E, Matito J, Mereu E, Navarro A, Cedrés S, Pardo N, Martinez de Castro A, Remon J, Miquel J M, Guillaumet-Adkins A, Nadal E, Rodriguez-Esteban G, Arqués O, Fasani R, Nuciforo P, Heyn H, Villanueva A, Palmer H G, Vivancos A. Dual MET and ERBB inhibition overcomes intratumor plasticity in osimertinib-resistant-advanced non-small-cell lung cancer (NSCLC). Ann Oncol. 2017 Oct 1;28(10):2451-2457.
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  • Dienstmann R, Elez E, Argiles G, Matos I, Sanz-Garcia E, Ortiz C, Macarulla T, Capdevila J, Alsina M, Sauri T, Verdaguer H, Vilaro M, Ruiz-Pace F, Viaplana C, Garcia A, Landolfi S, Palmer HG, Nuciforo P, Rodon J, Vivancos A, Tabernero J. Analysis of mutant allele fractions in driver genes in colorectal cancer – biological and clinical insights. Mol Oncol. 2017 Sep;11(9):1263-1272.
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  • Vivancos AP, Castillo EA, Biteau B, Nicot C, Ayté J, Toledano MB, Hidalgo E. A cysteine-sulfinic acid in peroxiredoxin regulates H2O2-sensing by the antioxidant Pap1 pathway. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005 Jun; 102(25): 8875-80
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  1. Avanzando hacia la implementación clínica: Estudio de las bases moleculares de la liberación de DNA tumoral en sangre. FIS-ISCIII.  (PI20/01112). PI: Ana Vivancos. 01/01/2021 – 31/12/2023.
  2. A pivotal study of derazantinib in patients with inoperable or advanced intrahepatic cholangiocarcinoma and FGFR2 gene fusions or FGFR2 gene mutations or amplifications. PI: Ana Vivancos. 22/02/2021 – 31/12/2021.
  3. ctDNA in breast milk for early detection of pregnancy associated breast cancer. FERO Foundation. PI: Miriam Sansó. 01/07/2020 – 30/06/2022.
  4. Tumores primarios múltiples en pacientes con cáncer de pulmón: elaboración de un perfil molecular integral para elucidar orígenes genéticos comunes. Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer (AECC). PI: Miriam Sansó. 01/12/2019 – 30/11/2023.
  5. Phase II Study of Avelumab plus chemotherapy in the peri-operative treatment for patients with resectable Gastric cancer (GC) or Gastroesophageal Junction cancer (GECJ). Merck Healthcare KGaA. PI: Ana Vivancos. 10/04/2019 – 31/12/2026.
  6. CeLac and European consortium for a personalized medicine approach to Gastric Cancer-LEGACy. European Commission-LEGACy. PI: Ana Vivancos. 01/01/2019-31/12/2022.
  7. Estudio de la microbiota, de Fusobacterium nucleatum y de la correlación con las vías de los receptores de Toll-like en tumores neuroendocrinos de intestino delgado. PI: Ana Vivancos. 21/07/2021 -3 1/12/2022.
  8. Olaparib and durvalumab (MEDI4736) in patients with metastatic pancreatic cancer and DNA Damage Repair genes alterations. PI: Ana Vivancos. 27/10/2021-31/12/2022.

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