Grupo de Genómica del Cáncer

TECNOLOGÍAS TRANSVERSALES

Group of scientists at VHIO Genomic Cancer Group Lab

El Grupo de Genómica del Cáncer del VHIO actúa como laboratorio de tecnología central. También nos dedicamos a la investigación traslacional y al desarrollo de nuevas pruebas genómicas.

Nuestro grupo proporciona aplicaciones de vanguardia en genómica del cáncer mediante el uso de tecnologías innovadoras y el desarrollo de pruebas nuevas y totalmente validadas que se utilizan en el ámbito de la investigación clínica. Nuestro laboratorio está equipado con una plataforma n-Counter (Nanostring), dos plataformas de PCR digital (BEAMing Sysmex y ddPCR, BIO-RAD) y cinco secuenciadores de última generación: MiSeq, NextSeq y HiSeq2500 de Illumina y un MinION de Oxford Nanopore Technologies.

Nuestro laboratorio completó la transferencia de tecnología de la prueba Guardant360® Cdx en biopsia líquida, aprobada por la Administración de Alimentos y Medicamentos estadounidense (FDA), para la elaboración de perfiles genómicos completos. Con esta prueba, VHIO360, nuestro Instituto es el primer centro de investigación oncológica de Europa que cuenta con un laboratorio equipado con esta plataforma de vanguardia. Destinada a superar las limitaciones y dificultades de las biopsias de tejidos, esta tecnología proporciona resultados genómicos completos en todos los tumores sólidos a partir de una simple extracción de sangre en siete días.

El Programa de preselección molecular en el VHIO está codirigido por la investigadora principal de nuestro grupo, Ana Vivancos, junto con Paolo Nuciforo, Elena Garralda y Rodrigo Dienstmann, investigadores principales de nuestros grupos de Oncología Molecular, Desarrollo Clínico Precoz de Fármacos y Oncology Data Science – OdysSey, respectivamente. Con el apoyo de nuestro Programa de Diagnóstico Molecular Avanzado (DIAMAV), impulsado por la Fundación FERO, elaboramos perfiles moleculares de más de 1100 pacientes como posibles candidatos para la inclusión en nuestros ensayos clínicos de fase I liderados por la Unidad de Investigación en Terapia Molecular del Cáncer (UITM) del VHIO – CaixaResearch, dirigida por Elena Garralda. La idoneidad de los pacientes para su inclusión en cualquier ensayo clínico se evalúa según su respectivo perfil genómico o patológico.

Hemos desarrollado y aplicado varias pruebas de forma sistemática para este programa. Dos de ellas se basan en NGS: un enfoque Amplicon-seq para secuenciar 67 genes, así como un panel de captura de 450 genes (Illumina). Utilizamos nCounter (Nanostring) para nuestro panel de fusiones de genes a partir de ARN, con capacidad para detectar más de 100 fusiones génicas recurrentes (lo que también nos permite evaluar los patrones de expresión génica en los tumores).

Como reflejo de nuestra dedicación a la excelencia y la calidad de los servicios que prestamos, hemos obtenido la acreditación ISO15189 con alcance flexible para las actividades siguientes:

Determinación de mutaciones en genes relacionados con procesos tumorales mediante Amplicon-seq NGS
Determinación de mutaciones y variantes de número de copias en genes relacionados con procesos tumorales mediante ultrasecuenciación dirigida basada en captura
Determinación de la Carga Mutacional Tumoral
Evaluación de la deficiencia de mecanismos de reparación del ADN mediante recombinación homóloga en cáncer de ovario primario o metastásico
Determinación de mutaciones (SNVs e indels) en ADN libre circulante en genes relacionados con procesos tumorales mediante ultrasecuenciación dirigida basada en captura

Ana Vivancos

Jefa de grupo

Biosketch

Líneas de investigación

Desarrollar y aplicar estrategias mejoradas para la preselección rutinaria de pacientes con un gran panel panoncológico en un entorno de excelencia.
Proporcionar aplicaciones de vanguardia en genómica del cáncer mediante el uso de tecnologías innovadoras y el desarrollo de protocolos.
Dar prioridad a los proyectos y asociaciones traslacionales que refuerzan la reconocida excelencia del VHIO en oncología.
Implementar la prueba Guardant 360® DX en biopsia líquida como primer laboratorio de Europa que lleva a cabo el ensayo de Guardant Health.

Figura: Clasificación VIGex de 398 muestras de cáncer metastásico según la expresión génica de nCounter (Nanostring) (69 genes relacionados con la inmunidad). Los valores de la expresión génica se normalizaron con respecto a la mediana geométrica de la expresión de 19 genes de mantenimiento y luego se transformaron en log2 y se centraron en torno a la mediana. A) PCA que muestra los 3 clústeres identificados con el método PAM (partitioning around medoids) (Hot, iCold y Cold). B) Mapa de calor que muestra la expresión génica relativa y los valores de PCA de los 69 genes relacionados con la inmunidad dentro de los grupos Hot, iCold y Cold. C) Gráfico de Kaplan-Meier que muestra el tiempo de progresión de los grupos Hot, iCold y Cold de una cohorte independiente de 58 muestras.

Equipo

Jefa de grupo

Ana Vivancos

Lab manager

Judit Matito

Project manager

Ester Castillo

Investigador Postdoctoral

Alberto González

Técnicos especializados

Deborah G. Lo Giacco

Zighereda Ogbah

Cecilia García Rodríguez

Giuseppe Buono

Vanessa Bach

Agatha Martín

Ana Onieva

Marta Pereira

Investigador Predoctoral

Paula Romero

Alberto Hernando

Bioinformáticos

Francisco Fuster

Marina Gómez

Francesca Catalogne

Maria Vila

Técnica de apoyo a la investigación

Inmaculada Martos

Publicaciones

Publicaciones científicas más relevantes

Hernando-Calvo A, Vila-Casadesús M, Bareche Y, Gonzalez-Medina A, Abbas-Aghababazadeh F, Lo Giacco D, Martin A, Saavedra O, Brana I, Vieito M, Fasani R, Stagg J, Mancuso F, Haibe-Kains B, Han M, Berche R, Pugh TJ, Mirallas O, Jimenez J, Gonzalez NS, Valverde C, Muñoz-Couselo E, Suarez C, Diez M, Élez E, Capdevila J, Oaknin A, Saura C, Macarulla T, Galceran JC, Felip E, Dienstmann R, Bedard PL, Nuciforo P, Seoane J, Tabernero J, Garralda E, Vivancos A. A pan-cancer clinical platform to predict immunotherapy outcomes and prioritize immuno-oncology combinations in early-phase trials. Med. 2023 Oct 13;4(10):710-727.e5.
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Todas las publicaciones

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Palomero J, Panisello C, Lozano-Rabella M, Tirtakasuma R, Díaz-Gómez J, Grases D, Pasamar H, Arregui L, Dorca Duch E, Guerra Fernández E, Vivancos A, de Andrea CE, Melero I, Ponce J, Vidal A, Piulats JM, Matias-Guiu X, Gros A. Biomarkers of tumor-reactive CD4+ and CD8+ TILs associate with improved prognosis in endometrial cancer. J Immunother Cancer. 2022 Dec;10(12):e005443. doi: 10.1136/jitc-2022-005443. PMID: 36581331; PMCID: PMC9806064.
Garcia-Casado Z, Oaknin A, Mendiola M, Alkorta-Aranburu G, Antunez-Lopez JR, Moreno-Bueno G, Palacios J, Yubero A, Marquez R, Gallego A, Sanchez-Heras AB, Lopez-Guerrero JA, Perez-Segura C, Barretina-Ginesta P, Alarcon J, Gaba L, Marquez A, Matito J, Cueva J, Palacio I, Iglesias M, Arcusa A, Sanchez-Lorenzo L, Guerra-Alia E, Romero I, Vivancos A. Laboratory Cross-Comparison and Ring Test Trial for Tumor BRCA Testing in a Multicenter Epithelial Ovarian Cancer Series: The BORNEO GEICO 60-0 Study. J Pers Med. 2022 Nov 4;12(11):1842. doi: 10.3390/jpm12111842. PMID: 36579549; PMCID: PMC9698073.
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Proyectos

Copy Number Alterations (CNA) as a predictive and prognostic biomarker to determine Homologous Recombination Deficiency (HRD) status. Funded by: Agencia de Gestió d’Ajuts Universitaris i de Recerca (AGAUR). Reference: 2024 LLAV 00126. 12/01/2024 – 05/31/2025. PI: Ana Vivancos.
Avanzando hacia la implementación clínica: Estudio de las bases moleculares de la liberación de DNA tumoral en sangre. FIS-ISCIII. (PI20/01112). PI: Ana Vivancos. 01/01/2021 – 31/12/2023.Proyecto CPP2021 CPP2021 -009037 financiado por MCIN/AEI /10.13039/501100011033 y la Unión Europea NextGenerationEU / PRTR
CGI-Clinics. Data-Driven Cancer Genome Interpretation for Personalized Cancer Treatment. Funding: HORIZON-HLTH-2021-CARE-05-02. HORIZON-RIA 101057509. Award period: 01/11/2022 – 31/10/2027. Principal Investigator: Ana Vivancos.
Estudio de las bases moleculares de la liberación de DNA tumoral en sangre. FIS-ISCIII. (PI20/01112). PI: Ana Vivancos. 01/01/2021 – 31/12/2023.

A pivotal study of derazantinib in patients with inoperable or advanced intrahepatic cholangiocarcinoma and FGFR2 gene fusions or FGFR2 gene mutations or amplifications. PI: Ana Vivancos. 22/02/2021 – 31/12/2021.

Phase II Study of Avelumab plus chemotherapy in the peri-operative treatment for patients with resectable Gastric cancer (GC) or Gastroesophageal Junction cancer (GECJ). Merck Healthcare KGaA. PI: Ana Vivancos. 10/04/2019 – 31/12/2026.
CeLac and European consortium for a personalized medicine approach to Gastric Cancer-LEGACy. European Commission-LEGACy. PI: Ana Vivancos. 01/01/2019-31/12/2022.
Estudio de la microbiota, de Fusobacterium nucleatum y de la correlación con las vías de los receptores de Toll-like en tumores neuroendocrinos de intestino delgado. PI: Ana Vivancos. 21/07/2021 -3 1/12/2022.
Olaparib and durvalumab (MEDI4736) in patients with metastatic pancreatic cancer and DNA Damage Repair genes alterations. PI: Ana Vivancos. 27/10/2021-31/12/2022.
Evaluate the ability to detect and concordance level between FGFR2 fusions in tumor samples and cfDNA. Co-Principal Investigator: Ana Vivancos. Funding: Incyte Biosciences International. Award period: 07/10/2020 – 31/12/2022.
Moving Liquid biopsy beyond current applications: study of prognostic and predictivevalues of circulating tumor DNA in metastatic colorectal cancer. Principal Investigator: Ana Vivancos. Funding: Asociación Española Contra el Cáncer. Reference: PROYE18031VIVA. Award period: 01/11/2018 – 31/10/2022.
ctDNA in breast milk for early detection of pregnancy associated breast cancer. Principal investigator: Cristina Saura & Ana Vivancos. Funding: Fundación FERO – GHD. Award period: 01/07/2020-20/06/2022.
CeLac and European consortium for a personalized medicine approach to Gastric Cancer-LEGACy. Principal Investigator: Ana Vivancos. Funding: European Commission. Award period: 01/01/2019 – 31/12/2022.
Tumores primarios múltiples en pacientes con cáncer de pulmón: elaboración de un perfil molecular integral para elucidar orígenes genéticos comunes. Principal Investigator: Ana Vivancos. Funding: Fundación Científica de la Asociación Española Contra el Cáncer (AECC). Código proyecto: INVES19056SANS. Award period: 01/12/2019 – 30/11/2023.

Ana Vivancos

Jefa de grupo

Biosketch

Líneas de investigación

Equipo

Jefa de grupo

Ana Vivancos

Lab manager

Judit Matito

Project manager

Ester Castillo

Investigador Postdoctoral

Alberto González

Técnicos especializados

Deborah G. Lo Giacco

Zighereda Ogbah

Cecilia García Rodríguez

Giuseppe Buono

Vanessa Bach

Agatha Martín

Ana Onieva

Marta Pereira

Investigador Predoctoral

Paula Romero

Alberto Hernando

Bioinformáticos

Francisco Fuster

Marina Gómez

Francesca Catalogne

Maria Vila

Técnica de apoyo a la investigación

Inmaculada Martos

Publicaciones

Proyectos

Proyecto financiado por

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