Nuestro grupo se centra en avanzar en el conocimiento de las bases genómicas de la tumorigénesis y su interacción con el sistema inmunitario. Realizamos análisis genómicos tumorales a gran escala, combinados con una caracterización exhaustiva del microambiente inmunitario tumoral, con el objetivo de comprender mejor la comunicación entre el tumor y el sistema inmunitario. Nuestro objetivo final es aprovechar este conocimiento para mejorar el desarrollo clínico de inmunoterapias personalizadas.
Dado el papel emergente de los mecanismos de escape inmunitario en el desarrollo tumoral y la metástasis, así como el reconocimiento de que las alteraciones genómicas por sí solas no son suficientes para explicar el inicio y la progresión del cáncer (Martínez-Jiménez et al., 2020; Martínez-Jiménez et al., 2023), el Grupo de Inmunogenómica del Cáncer está interesado en desarrollar modelos computacionales para: 1) profundizar en la comprensión de la interacción entre la evolución tumoral y el sistema inmunitario, y 2) aplicar este conocimiento para mejorar el desarrollo clínico de inmunoterapias personalizadas.
Nuestro enfoque se basa en integrar el perfil genómico de los tumores, obtenido mediante secuenciación del exoma completo y/o del genoma completo, que incluye la identificación de alteraciones tumorales simples y complejas, la priorización racionalizada de neoantígenos tumorales y la caracterización del estado HLA-I del tumor y otras alteraciones de escape inmunitario. Esta información se combina con una caracterización cuantitativa del microambiente inmunitario tumoral, mediante deconvolución inmunitaria basada en transcriptómica y proteómica bulk, perfilado inmunitario de célula única y geoespacial, y secuenciación del TCR.
Como ejemplo, recientemente hemos realizado un análisis a gran escala de la prevalencia y el impacto de las alteraciones genéticas de escape inmunitario en más de 6.000 tumores primarios y metastásicos (Martínez-Jiménez, Priestley et al., 2023).
Gracias a nuestra estrecha colaboración con la Hartwig Medical Foundation, tenemos acceso a uno de los mayores recursos de tumores secuenciados mediante genoma completo y transcriptomas tumorales completos, que actualmente incluye más de 7.000 pacientes: https://database.hartwigmedicalfoundation.nl/. Además, generamos datos internamente para apoyar la validación de nuestros análisis y abordar preguntas específicas que requieren un análisis más dirigido.
- Caracterizar las mutaciones de hematopoyesis clonal en linfocitos T y evaluar su influencia en la inmunidad antitumoral.
- Estudiar el equilibrio entre la inmunogenicidad y la oncogenicidad de las mutaciones del cáncer.
- Comprender los rasgos genómicos y transcriptómicos distintivos del cáncer de origen primario desconocido (CUP).
- Comprender la reprogramación transcripcional de los tumores metastásicos y su interacción con el contexto genómico.
- Coliderar proyectos de genómica del cáncer en colaboración con la Hartwig Medical Foundation para identificar nuevos biomarcadores clínicos en pacientes que no responden a las terapias contra el cáncer y demostrar el valor clínico añadido de la secuenciación del genoma completo (WGS) como parte de la atención rutinaria.
Jefe de grupo
Francisco Martínez Jiménez
Analista de Datos
Joseph Usset
Becaria post-doctoral
Ana Dueso
Manuel Jara
Lucas Michel
Estudiante de doctorado
Marc Arbones
Yulia Kremlyakova
Natasa Mortvanski
Bioinformático
Sergio Esteban
Adrian Parilla Mesas
Estudiante de máster
Alexios Giannoulas
- Martínez-Jiménez F*, Chowell D*. Genetic immune escape in cancer: timing and implications for treatment. Trends in Cancer. doi: 10.1016/j.trecan.2024.11.002 Genetic immune escape in cancer: timing and implications for treatment. Trends Cancer. 2024 Dec 3:S2405-8033(24)00254-1. doi: 10.1016/j.trecan.2024.11.002. Epub ahead of print.
- Usset J, Rosendahl Huber A, Andrianova MA, Batlle E, Carles J, Cuppen E, Elez E, Felip E, Gómez-Rey M, Lo Giacco D, Martinez-Jimenez F, Muñoz-Couselo E, Siu LL, Tabernero J, Vivancos A, Muiños F, Gonzalez-Perez A, Lopez-Bigas N. Five latent factors underlie response to immunotherapy. Nat Genet. 2024 Oct;56(10):2112-2120. doi: 10.1038/s41588-024-01899-0. Epub 2024 Sep 12.
- Marcos-Villar L, Perdiguero B, Anthiya S, Borrajo ML, Lou G, Franceschini L, Esteban I, Sánchez-Cordón PJ, Zamora C, Sorzano CÓS, Jordá L, Codó L, Gelpí JL, Sisteré-Oró M, Meyerhans A, Thielemans K, Martínez-Jiménez F, López-Bigas N, García F, Alonso MJ, Plana M, Esteban M, Gómez CE. Modulating the immune response to SARS-CoV-2 by different nanocarriers delivering an mRNA expressing trimeric RBD of the spike protein: COVARNA Consortium. NPJ Vaccines. 2024 Mar 6;9(1):53. doi: 10.1038/s41541-024-00838-8.
- Krishna, C., Tervi, A., Saffern, M., Wilson, E. A., Yoo, S. K., Mars, N., Roudko, V., Cho, B. A., Jones, S. E., Vaninov, N., Selvan, M. E., Gümüş, Z. H., FinnGen§, Lenz, T. L., Merad, M., Boffetta, P., Martínez-Jiménez, F., Ollila, H. M., Samstein, R. M., & Chowell, D. (2024). An immunogenetic basis for lung cancer risk. Science. 2024 Feb 23;383(6685):eadi3808. doi: https://doi.org/10.1126/science.adi3808
- Usset J, de Ligt J, Roerink S, Roepman P, Cuppen E, Martínez-Jiménez F. Systematic identification of genomic non-response biomarkers to cancer therapies. bioRxiv [Preprint].2025.10.06.680777.
- Gumpert N, Sagie S, Arnedo-Pac C, Babu T, Weller C, Gonzalez-Perez A, Wang Y, Michel Todó L, Levy R, Chen X, Greenberg P, Dayan-Rubinov M, Yakubovich E, Wasserman-Bartov T, Zerbib M, Gong J, Rebernick RJ, Oliveira Tercero A, Agundez Muriel L, Benedek G, Kedmi M, Oren R, Ben-Dor S, Levin Y, Troyanskaya OG, Munzur AD, Wyatt AW, Cieslik MP, Quigley DA, Van Allen EM, Anandasabapathy N, Mateo J, Yang X, Martínez-Jiménez F, Lopez-Bigas N, Samuels Y. Recurrent immunogenic neoantigens and their cognate T-cell receptors in treatment-resistant metastatic prostate cancer. Cancer Discov. 2025. doi: 10.1158/2159-8290.CD-24-1213.
- Garrido G, Scrofani J, Arsenijevic A, Aranguren A, Martínez-Jiménez F, Borràs E, Sabidó E, Vernos I. Centrosome clustering in cancer cells requires microtubule assembly through a RanGTP-dependent TPX2-KIFC1 interaction. Curr Biol. 2025. doi: 10.1016/j.cub.2025.11.075.
- Project: Early clinical development of first-in-class EGL-001 targeting Tregs in head and neck squamous cell carcinoma, supported by AI-based pathomics – NEOTREG. Reference Number: 101290046. Funded by: European Commission. Execution Period: 01/06/2026-31/05/2031. VHIO Co-Leads: Irene Braña & Fran Martínez
- Project: Unveiling the Role of T-Lymphocyte Clonal Hematopoiesis in Antitumor Immunity to Transform Cancer Immunotherapy – tl-Chancer. Reference Number: 101229642. Funded by: European Research Council (ERC). European Commission. Execution Period: 01/06/2026-31/05/2031. PI: Fran Martínez
- Pan-cancer analysis of cancer-cell intrinsic HLA-II expression and its impact in the genomic landscape and in the tumor microenvironment (HLA-II-INSIGHT). Funded by: Agencia Estatal de Investigación – Ministerio de Ciencia e Innovación. Reference: PID2024-155588OA-I00. Execution Period: 01/09/2025 – 31/08/2028. PI: Francisco Martínez
- Project: Systematic characterization of distinctive immunogenomic traits of Cancers of Unknown Primary (CUPs) to identify novel therapeutic opportunities. Referencia: Lab AECC 2024. LABAE246817MART. Asociación Española Contra el Cáncer. Periodo concesión: 11/2024-11/2027. Role: Principal Investigator
- Project: Small cell lung cancer: from biology networks to tailored therapy (July 2024-2029). Spanish Association for Cancer Research (AECC). AECC 70 Survivorship 2024 Challenge. Referencia: AECC 70 Survivorship 2024 Challenge. Asociación Española Contra el Cáncer. Periodo concesión: 07/2024-07/2029. Role: Work-package leader
- Project: Computational immunogenomics. Referencia: Ramon y Cajal program. SRYC2200I037005XV0. Ministerio de Ciencia e Innovacion. Periodo concesión: 01/2024-01/2028. Role: Principal Investigator
- Project: Characterization of the impact of genetic immune escape alterations on responses to Immune Checkpoint Inhibitors across human cancers. XXIV. Referencia: XXIV Beca FERO, Fundación FERO. Periodo concesión: 10/2023-10/2025. Role: Principal investigator.
