Grupo de Inmunogenómica computacional

Nuestro grupo se centra en avanzar en el conocimiento de la base genómica de la tumorigénesis y su interacción con el sistema inmunitario. Realizamos análisis genómicos de tumores a gran escala, combinados con un perfil completo del microambiente inmunitario del tumor, para comprender mejor la interacción entre el tumor y el sistema inmunitario. Nuestro objetivo final es aprovechar este conocimiento para mejorar el desarrollo clínico de inmunoterapias personalizadas.

El cáncer se caracteriza por un crecimiento descontrolado de células que no son eliminadas por el sistema inmunitario. Cada tumor tiene una composición única de alteraciones genómicas adquiridas a lo largo de la evolución del clon tumorigénico. Aunque los tumores suelen albergar entre cientos y miles de alteraciones genómicas, solo unas pocas son responsables del proceso tumorigénico (las denominadas «impulsoras»). Las alteraciones impulsoras tienden a ser específicas de cada tipo de cáncer (Martínez-Jiménez et al. 2020) y, por lo general, se conservan entre las lesiones primarias y metastásicas (Martínez-Jiménez et al. 2023).

Sin embargo, cada vez está más claro que las alteraciones genómicas tumorales no son los únicos promotores del desarrollo tumoral y la metástasis. Otros factores, como el escape inmunitario del cáncer, también desempeñan un papel fundamental. En este contexto, nos interesa desarrollar modelos computacionales para 1) comprender mejor la interacción entre la evolución tumoral y el sistema inmunitario, y 2) aprovechar este conocimiento para mejorar el desarrollo clínico de inmunoterapias personalizadas.

Nuestro enfoque se basa en la integración del retrato genómico de los tumores (basado en la secuenciación del exoma/genoma completo), que incluye la identificación de alteraciones simples y complejas específicas del tumor, la priorización racionalizada de los neoantígenos tumorales y la caracterización del estado HLA-I del tumor y otras alteraciones de escape inmunitario; combinado con una descripción cuantitativa del microambiente inmunitario del tumor (utilizando la deconvolución inmunitaria de transcriptómica/proteómica a granel, el perfil inmunitario de células individuales y geoespacial, y la secuenciación del TCR). A modo de ejemplo, recientemente hemos realizado un análisis a gran escala de la prevalencia y el impacto de las alteraciones genéticas de escape inmunitario en más de 6000 tumores primarios y metastásicos (Martínez-Jiménez, Priestley et al. 2023).

Gracias a nuestra estrecha colaboración con la Fundación Médica Hartwig, tenemos acceso a uno de los mayores recursos de tumores secuenciados con el genoma completo y transcriptomas tumorales completos (actualmente más de 7000 pacientes, https://database.hartwigmedicalfoundation.nl/). Además, se generan datos internos para respaldar la validación de nuestros análisis y abordar cuestiones específicas que requieren un análisis más específico.

Desde que se creó nuestro grupo VHIO en febrero de 2023, hemos obtenido financiación competitiva para apoyar múltiples proyectos, hemos participado en varias conferencias nacionales e internacionales y hemos publicado cinco artículos revisados por pares en revistas de primer nivel.