Grup d’Immunogènomica Computacional

El nostre grup se centra a avançar en el coneixement de les bases genòmiques de la tumorigènesi i la seva interacció amb el sistema immunitari. Realitzem anàlisis genòmiques tumorals a gran escala, combinades amb una caracterització exhaustiva del microambient immunitari tumoral, amb l’objectiu de comprendre millor la comunicació entre el tumor i el sistema immunitari. El nostre objectiu final és aprofitar aquest coneixement per millorar el desenvolupament clínic d’immunoteràpies personalitzades.

Atès el paper emergent dels mecanismes d’escapament immunitari en el desenvolupament tumoral i la metàstasi, així com el reconeixement que les alteracions genòmiques per si soles no són suficients per explicar l’inici i la progressió del càncer (Martínez-Jiménez et al., 2020; Martínez-Jiménez et al., 2023), el Grup d’Immunogenòmica del Càncer està interessat a desenvolupar models computacionals per: 1) aprofundir en la comprensió de la interacció entre l’evolució tumoral i el sistema immunitari, i 2) aplicar aquest coneixement per millorar el desenvolupament clínic d’immunoteràpies personalitzades.

El nostre enfocament es basa en integrar el perfil genòmic dels tumors, obtingut mitjançant seqüenciació de l’exoma complet i/o del genoma complet, que inclou la identificació d’alteracions tumorals simples i complexes, la priorització racionalitzada de neoantígens tumorals i la caracterització de l’estat HLA-I del tumor i d’altres alteracions d’escapament immunitari. Aquesta informació es combina amb una caracterització quantitativa del microambient immunitari tumoral, mitjançant deconvolució immunitària basada en transcriptòmica i proteòmica bulk, perfilatge immunitari de cèl·lula única i geoespacial, i seqüenciació del TCR.

Com a exemple, recentment hem realitzat una anàlisi a gran escala de la prevalença i l’impacte de les alteracions genètiques d’escapament immunitari en més de 6.000 tumors primaris i metastàtics (Martínez-Jiménez, Priestley et al., 2023).

Gràcies a la nostra estreta col·laboració amb la Hartwig Medical Foundation, tenim accés a un dels recursos més grans de tumors seqüenciats mitjançant genoma complet i transcriptomes tumorals complets, que actualment inclou més de 7.000 pacients: https://database.hartwigmedicalfoundation.nl/. A més, generem dades internament per donar suport a la validació de les nostres anàlisis i abordar preguntes específiques que requereixen una anàlisi més dirigida.