Grupo de Inmunogenómica computacional

El cáncer se caracteriza por una proliferación descontrolada de células que el sistema inmunitario no elimina. Cada tumor presenta una composición única de alteraciones genómicas adquiridas durante la evolución del clon oncógeno. Si bien los tumores albergan con frecuencia entre cientos y miles de alteraciones genómicas, tan solo unas pocas de estas alteraciones son responsables del proceso oncogénico (los llamados iniciadores). Las alteraciones de los iniciadores suelen ser específicas en función del tipo de cáncer (F. Martínez et al., Nature Reviews Cancer, 2020) y, generalmente, se mantienen entre las lesiones primarias y metastásicas (F. Martínez Jiménez et al., biorXiv 2022).

Sin embargo, cada vez está más claro que las alteraciones genómicas del cáncer no son el único factor que contribuye al desarrollo de los tumores y la metástasis, y que hay otros factores, como el hecho de eludir el reconocimiento por parte del sistema inmunitario, cuya participación resulta fundamental. En este contexto, nuestro interés se centra en desarrollar modelos computacionales para i) conocer mejor la interacción entre la evolución de los tumores y el sistema inmunitario y ii) aprovechar este conocimiento para mejorar el desarrollo clínico de inmunoterapias personalizadas.

Nuestro enfoque se basa en integrar el retrato genómico de los tumores (a partir de la secuenciación del exoma completo/genoma), lo que incluye la identificación de alteraciones específicas del tumor simples y complejas, la priorización racionalizada de los neoantígenos tumorales y la descripción del estado del HLA-I en el tumor y otras alteraciones que escapan al sistema inmunitario. Todo ello, combinado con una descripción cuantitativa del microentorno inmunitario del tumor (mediante la deconvolución inmunitaria masiva de la transcriptómica/proteómica, el perfilado inmunitario unicelular y geoespacial y la secuenciación de RLT). A modo de ejemplo de este enfoque, en fecha reciente hemos llevado a cabo un análisis a gran escala de la prevalencia y repercusión de las alteraciones genéticas que escapan al sistema inmunitario en más de 6000 tumores primarios y metastásicos (F. Martínez Jiménez, Peter Priestley et al., biorXiv 2022).

Gracias a nuestra estrecha colaboración con la Hartwig Medical Foundation, tenemos acceso a uno de los mayores recursos de tumores con secuencia del genoma completo y transcriptomas tumorales completos (más de 6000 pacientes en la actualidad, https://database.hartwigmedicalfoundation.nl/). Además, se generarán datos de manera interna que ayudarán a validar nuestros análisis y a abordar preguntas concretas que precisen un análisis más selectivo.