Introducció de dades sobre el càncer
El Grup de Biologia Computacional del Càncer aprofita els conjunts de dades epi(genètiques) sobre el càncer per descobrir els mecanismes moleculars que intervenen en l’inici, la progressió, la resistència als fàrmacs i la metàstasi del càncer per tal de millorar les perspectives dels pacients.
Mitjançant el treball de grup, hem demostrat com els gens que modifiquen l’estructura de la cromatina estan associats a la resistència a la quimioteràpia en el càncer de mama (Nature Medicine, 2019). El nostre objectiu és entendre com aquestes modificacions epigenètiques afecten la resistència als fàrmacs i com es poden utilitzar els fàrmacs epigenètics per abordar els gens supressors de tumors.
També estem interessats en com la integració de conjunts de dades multiòmiques basada en l’aprenentatge automàtic pot ajudar a descobrir nous subgrups i biomarcadors de càncer, així com a predir el resultat i la resposta als fàrmacs.
Hem participat en múltiples consorcis internacionals, com l’Atles del Genoma del Càncer, la Xarxa de l’Atles de Tumors Humans, el Cancer Target Discovery and Development i, més recentment, AURORA (cohort multiòmica de càncer de mama metastàtic).
- Paper dels elements reguladors de la cromatina en la resposta als fàrmacs i la metàstasi
- Noves opcions terapèutiques epigenètiques basades en la letalitat sintètica
- Estratificació de pacients mitjançant anàlisi multiòmica
- Nous biomarcadors epigenètics de resposta als fàrmacs
Cap de Grup
José Antonio Seoane
Becària postdoctoral
Silvana Maas
Bioinformàtic
Arnau Llinàs
Estudiants graduats
Mª José Fariña
Estudiants de màster
Odei Blanco
- DCIS genomic signatures define biology and correlate with clinical outcome: a Human Tumor Atlas Network (HTAN) analysis of TBCRC 038 and RAHBT cohorts
Siri H Strand, Belén Rivero-Gutiérrez, Kathleen E Houlahan, Jose A Seoane, Lorraine King, …,Christina Curtis, Rob Tibshirani, Robert Michael Angelo, Allison Hall, Kouros Owzar, Kornelia Polyak, Carlo Maley, Jeffrey R Marks, Graham A Colditz, E Shelley Hwang, Robert B West
bioRxiv, Jun 2021
10.1101/2021.06.16.448585 - CRISPR screens in cancer spheroids identify 3D growth-specific vulnerabilities
Kyuho Han, Sarah E Pierce, Amy Li, Kaitlyn Spees, Grace R Anderson, Jose A Seoane, Yuan-Hung Lo, Michael Dubreuil, Micah Olivas, Roarke A Kamber, Michael Wainberg, Kaja Kostyrko, Marcus R Kelly, Maryam Yousefi, Scott W Simpkins, David Yao, Keonil Lee, Calvin J Kuo, Peter K Jackson, Alejandro Sweet-Cordero, Anshul Kundaje, Andrew J Gentles, Christina Curtis, Monte M Winslow, Michael C Bassik
Nature, 580(7801):136-141, April. 2020 - Convergent mutations in tissue-specific regulatory regions reveal novel cancer drivers
Nasa Sinnott-Armstrong, Jose A Seoane, Jonathan K Pritchard, Christina Curtis, Michael P Snyder
BioRxiv, Nov. 2020 - Chromatin regulators mediate anthracycline sensitivity in breast cancer
Jose A Seoane, Jacob G Kirkland, Jennifer L Caswell-Jin, Gerald R Crabtree, Christina Curtis
Nature medicine, 25(11):1721-1727, Nov. 2019 - Dynamics of breast-cancer relapse reveal late-recurring ER-positive genomic subgroups
Oscar M Rueda, Stephen-John Sammut, Jose A Seoane, Suet-Feung Chin, Jennifer L Caswell-Jin, Maurizio Callari, Rajbir Batra, Bernard Pereira, Alejandra Bruna, H Raza Ali, Elena Provenzano, Bin Liu, Michelle Parisien, Cheryl Gillett, Steven McKinney, Andrew R Green, Leigh Murphy, Arnie Purushotham, Ian O Ellis, Paul D Pharoah, Cristina Rueda, Samuel Aparicio, Carlos Caldas, Christina Curtis
Nature, 567(7748):399-404, Mar. 2019 - Assessment of ERBB2/HER2 status in HER2-equivocal breast cancers by FISH and 2013/2014 ASCO-CAP guidelines
Michael F Press, Jose A Seoane, Christina Curtis, Emmanuel Quinaux, Roberta Guzman, Guido Sauter, Wolfgang Eiermann, John R Mackey, Nicholas Robert, Tadeusz Pienkowski, John Crown, Miguel Martin, Vicente Valero, Valerie Bee, Yanling Ma, Ivonne Villalobos, Dennis J Slamon
JAMA oncology, 5(3):366-375, Mar. 2019 - The chromatin accessibility landscape of primary human cancers
M Ryan Corces, Jeffrey M Granja, Shadi Shams, Bryan H Louie, Jose A Seoane, Wanding Zhou, Tiago C Silva, Clarice Groeneveld, Christopher K Wong, Seung Woo Cho, Ansuman T Satpathy, Maxwell R Mumbach, Katherine A Hoadley, A Gordon Robertson, Nathan C Sheffield, Ina Felau, Mauro AA Castro, Benjamin P Berman, Louis M Staudt, Jean C Zenklusen, Peter W Laird, Christina Curtis, William J Greenleaf, Howard Y Chang
Science, 362(6413), Oct. 2018 - Canonical correlation analysis for gene-based pleiotropy discovery
Jose A Seoane, Colin Campbell, Ian NM Day, Juan P Casas, Tom R Gaunt
PLoS Computational Biology, 10(10), Oct. 2014 - A pathway-based data integration framework for prediction of disease progression
Jose A Seoane, Ian NM Day, Tom R Gaunt, Colin Campbell
Bioinformatics, 30(6):838-845, Mar. 2014
- Abordar la letalitat sintètica en els gens reguladors de la cromatina per al tractament de càncer gastrointestinal. Ref. PID2020-115097RA-I00. Agència Estatal de Recerca. 9/2021-8/2025. Investigador principal: José A. Seoane
- Beca Ramón y Cajal. Agència Estatal de Recerca. 2021 -2025.
- El Laboratori de Biologia Computacional del Càncer a VHIO comença el maig de 2021
- Jose A. Seoane inicia la seva beca Ramon i Cajal
- Jose A. Seoane rep una beca del Ministeri de Ciència i Innovació per explorar el mecanisme de letalitat sintètica epigenètica
S’uneix al consorci de càncer de mama metastàtic AURORA - José Liñares es va doctorar el desembre
Aquest grup està finançat per CaixaResearch
Notícies Relacionades
