19th Ave New York, NY 95822, USA
Join Now

Unitat de Bioinformàtica

Portfolio Item Unitat de Bioinformàtica
Bioinformatics Unit - VHIO

La Unitat de Bioinformàtica del VHIO (VHIOinformatics) proporciona als grups de recerca recursos computacionals d’avantguarda per a l’anàlisi de dades òmiques relacionades amb el càncer. Donem suport als investigadors del VHIO mitjançant la implementació de pipelines bioinformàtics d’última generació i el processament de conjunts de dades multiòmiques.

En col·laboració amb investigadors de múltiples projectes, participem en les diferents etapes de la recerca, des de la concepció o el disseny experimental fins a l’anàlisi bioinformàtica de les dades i la publicació final, amb una atenció especial a la visualització i la interpretació funcional. El 2025 vam dur a terme 58 anàlisis de dades en col·laboració amb 25 grups de recerca del VHIO. El conjunt d’estudis va incloure principalment dades transcriptòmiques i genòmiques, a més de projectes de metagenòmica shotgun per explorar el microambient tumoral. També vam reavaluar diversos conjunts de dades disponibles públicament per obtenir nous coneixements sobre el desenvolupament i la disseminació del càncer. Amb la incorporació recent de tecnologies i expertesa en anàlisi de cèl·lula única, actualment estem analitzant diversos experiments transcriptòmics i multiòmics de cèl·lula única.

Seguint els principis rectors FAIR per a la gestió de dades científiques, hem desenvolupat una guia per carregar dades en repositoris públics, amb un èmfasi especial en l’EGA, el nostre repositori de referència per a dades humanes d’accés controlat. Diversos conjunts de dades interns, ja inclosos en publicacions recents, s’han dipositat en repositoris d’accés públic per afavorir la ciència oberta i la reutilització de dades.

Els nostres procediments computacionals es basen en programari de codi obert desenvolupat en un entorn segur i reproduïble. En col·laboració amb el nostre Departament de Tecnologies de la Informació, hem continuat ampliant la infraestructura de clúster, disponible per a l’equip intern de bioinformàtica, amb la incorporació d’una partició de GPU per a anàlisis d’intel·ligència artificial (IA). Gràcies a l’acreditació d’Excel·lència Severo Ochoa que el VHIO va rebre el 2021 com a Centre d’Excel·lència Severo Ochoa per al període 2022-2026, i al suport de CRIS contra el cáncer – Fundación CRIS contra el Cáncer, continuarem desenvolupant aquesta infraestructura el 2026.

La Unitat de Bioinformàtica del VHIO forma part de TransBioNet, la xarxa espanyola de bioinformàtica translacional, coordinada per l’Institut Nacional de Bioinformàtica (INB), que treballa en associació amb la Infraestructura Europea de Ciències de la Vida per a la Informació Biològica (ELIXIR). Així mateix, representem el VHIO en diversos consorcis i grups de treball.

Lara Nonell 2025 VHIO
Lara Nonell
Group Leader
Biosketch

Línies de recerca

Amb l’objectiu de donar suport als investigadors del VHIO en el desenvolupament de les seves investigacions, hem definit les línies de recerca següents:

  • Ampliar i mantenir una infraestructura computacional escalable, inclosos entorns amb GPU, per donar suport a anàlisis òmiques avançades i basades en intel·ligència artificial.
  • Implementar i optimitzar pipelines bioinformàtics d’última generació per al processament, la integració, la visualització i la interpretació de dades multiòmiques, inclosa la reutilització de conjunts de dades públics.
  • Desenvolupar models computacionals integradors i enfocaments d’aprenentatge automàtic per donar suport al descobriment de biomarcadors i a l’oncologia de precisió.
  • Reforçar la col·laboració institucional mitjançant la promoció de mètodes computacionals avançats en els diferents programes de recerca del VHIO.
  • Consolidar i formar un equip de bioinformàtica altament qualificat, alhora que es coordina una xarxa interna per compartir coneixement, com ara el Journal Club, amb l’objectiu d’optimitzar l’expertesa i els recursos.
  • Avançar en la implantació de pràctiques harmonitzades de gestió de dades, conformes amb els principis FAIR, en els fluxos de treball òmics del VHIO.

Equip

Cap de grup

Lara Nonell

Bioinformàtics

Pau Marc Muñoz Torres​

Irene Agustí Barea

Alba Mas Malavila

Angel García de la Torre

Publicacions

Publicacions més rellevants

  • Giuntini F, González-Larreategui Í, Herencia-Ropero A, Casacuberta-Serra S, Zacarías-Fluck MF, Arnal M, Pedretti F, Martínez-Martín S, Thabussot H, Cano VC, Grueso J, Foradada L, Serrano E, López-Estévez S, Rodriguez O, Guzman M, Rodriguez-Hernandez A, Brasó-Maristany F, Llop-Guevara A, Balmaña J, Nonell L, Prat A, Serra V, Beaulieu ME, Whitfield JR, Massó-Vallés D, Soucek L. MYC inhibition by Omomyc causes DNA damage and overcomes PARPi resistance in breast cancer. Cell Rep. 2025 Dec 23;44(12):116604.
  • Lloret-Llinares M, Carvajal-López P, Downing T, Gogol M, Ho Sui S, Nonell L, Paladin L, Reid AJ, Pomann GM, Brooksbank C. Competencies for bioinformatics core facility scientists: extension of the ISCB competency framework for bioinformatics. Bioinform Adv. 2025 Sep 16;5(1):vbaf206.
  • Martínez-Quintanilla J, Cabot D, Sabia D, Arqués O; PMPnet Group; Vergés J, Chicote I, Bijelic L; PMPnet Group; Cabellos L, Alcántara AM, Ramos I, Barrios P, Crusellas O, Palacio LM; PMPnet Group; Cámara JA, Barriuso J; PMPnet Group; Jiménez JJ, Muñoz-Torres P, Nonell L, Flores R, Médico E, Guaglio M; PMPnet Group; Ros J, Élez E, Tabernero J, Aziz O, Deraco M, Palmer HG; PMPnet Group; PMPnet Group. Precision Oncology and Systemic Targeted Therapy in Pseudomyxoma Peritonei. Clin Cancer Res. 2024 Sep 13;30(18):4082-4099.
  • Casanova-Salas I, Aguilar D, Cordoba-Terreros S, Agundez L, Brandariz J, Herranz N, Mas A, Gonzalez M, Morales-Barrera R, Sierra A, Soriano-Navarro M, Cresta P, Mir G, Simonetti S, Rodrigues G, Arce-Gallego S, Delgado-Serrano L, Agustí I, Castellano-Sanz E, Mast R, de Albert M, Celma A, Santamaria A, Gonzalez L, Castro N, Suanes MDM, Hernández-Losa J, Nonell L, Peinado H, Carles J, Mateo J. Circulating tumor extracellular vesicles to monitor metastatic prostate cancer genomics and transcriptomic evolution. Cancer Cell. 2024 Jul 8;42(7):1301-1312.e7.
  • Pujals M, Mayans C, Bellio C, Méndez O, Greco E, Fasani R, Alemany-Chavarria M, Zamora E, Padilla L, Mitjans F, Nuciforo P, Canals F, Nonell L, Abad M, Saura C, Tabernero J, Villanueva J. RAGE/SNAIL1 signaling drives epithelial-mesenchymal plasticity in metastatic triple-negative breast cancer. Oncogene. 2023 Aug;42(35):2610-2628.
  • Zacarías-Fluck MF, Massó-Vallés D, Giuntini F, González-Larreategui Í, Kaur J, Casacuberta-Serra S, Jauset T, Martínez-Martín S, Martín-Fernández G, Serrano Del Pozo E, Foradada L, Grueso J, Nonell L, Beaulieu ME, Whitfield JR, Soucek L. Reducing MYC’s transcriptional footprint unveils a good prognostic gene signature in melanoma. Genes Dev. 2023 Apr 1;37(7-8):303-320.
  • Martínez-Sabadell A, Morancho B, Rius Ruiz I, Román Alonso M, Ovejero Romero P, Escorihuela M, Chicote I, Palmer HG, Nonell L, Alemany-Chavarria M, Klein C, Bacac M, Arribas J, Arenas EJ. The target antigen determines the mechanism of acquired resistance to T cell-based therapies. Cell Rep. 2022 Oct 18;41(3):111430. 

Totes les publicacions

  • Giuntini F, González-Larreategui Í, Herencia-Ropero A, Casacuberta-Serra S, Zacarías-Fluck MF, Arnal M, Pedretti F, Martínez-Martín S, Thabussot H, Cano VC, Grueso J, Foradada L, Serrano E, López-Estévez S, Rodriguez O, Guzman M, Rodriguez-Hernandez A, Brasó-Maristany F, Llop-Guevara A, Balmaña J, Nonell L, Prat A, Serra V, Beaulieu ME, Whitfield JR, Massó-Vallés D, Soucek L. MYC inhibition by Omomyc causes DNA damage and overcomes PARPi resistance in breast cancer. Cell Rep. 2025 Dec 23;44(12):116604.
  • Lloret-Llinares M, Carvajal-López P, Downing T, Gogol M, Ho Sui S, Nonell L, Paladin L, Reid AJ, Pomann GM, Brooksbank C. Competencies for bioinformatics core facility scientists: extension of the ISCB competency framework for bioinformatics. Bioinform Adv. 2025 Sep 16;5(1):vbaf206.
  • Hernández-Muñoz I, Cuervas I, Prada E, Pulecio J, Gimeno R, Andrades E, Gómez-González S, Berenguer-Molins P, Acedo-Terrades A, Perera-Bel J, Bódalo-Torruella M, Nonell L, Pérez E, Grases D, Mata C, Yélamos J, Richaud-Patin Y, Vidal E, Cuartero Y, Le Dily F, Suñol M, Manzanares A, Raya A, Mora J. EWS::FLI1 expression in human embryonic mesenchymal stem cells leads to transcriptional reprograming, defective DNA damage repair and Ewing sarcoma. Nat Commun. 2025 Oct 24;16(1):9427.
  • Pedretti F, Abdalfttah M, Pellegrino B, Mateo F, Martínez-Sanz P, Herencia-Ropero A, Òdena A, Clavell-Revelles P, Casali G, Domènech H, Monserrat L, Papić D, Mas Malavila A, Pascual-Reguant A, Eixarch H, Guzmán M, Rodríguez O, Grueso J, Simonetti S, Fasani R, Nuciforo P, Espejo C, Florian S, Pujana MÁ, Nonell L, Seoane J, Valge-Archer V, O’Connor MJ, Nieto JC, Heyn H, Balmaña J, Llop-Guevara A, Serra V. Harnessing STING Signaling and Natural Killer Cells Overcomes PARP Inhibitor Resistance in Homologous Recombination-Deficient Breast Cancer. Cancer Res. 2025 May 15;85(10):1888-1908.5: Acedo-Terrades A, Perera-Bel J, Nonell L. The importance of data transformation in RNA-Seq preprocessing for bladder cancer subtyping. BMC Res Notes. 2025 Feb 10;18(1):61.
  • Arce-Gallego S, Cresta Morgado P, Delgado-Serrano L, Simonetti S, Gonzalez M, Romero-Lozano P, Marmolejo D, Morales-Barrera R, Arnau GM, Semidey ME, Aguilar D, Cordoba-Terreros S, Mast R, de Albert M, Planas J, Cuadras M, Maldonado X, Suarez C, Casanova-Salas I, Figols M, Cros S, Mas A, Nonell L, Dienstmann R, Nuciforo P, Vivancos A, Llop-Guevara A, Carles J, Serra V, Mateo J. Homologous recombination repair status in metastatic prostate cancer by next-generation sequencing and functional immunofluorescence. Cell Rep Med. 2025 Feb 18;6(2):101937. a
  • Martínez-Quintanilla J, Cabot D, Sabia D, Arqués O; PMPnet Group; Vergés J, Chicote I, Bijelic L; PMPnet Group; Cabellos L, Alcántara AM, Ramos I, Barrios P, Crusellas O, Palacio LM; PMPnet Group; Cámara JA, Barriuso J; PMPnet Group; Jiménez JJ, Muñoz-Torres P, Nonell L, Flores R, Médico E, Guaglio M; PMPnet Group; Ros J, Élez E, Tabernero J, Aziz O, Deraco M, Palmer HG; PMPnet Group; PMPnet Group. Precision Oncology and Systemic Targeted Therapy in Pseudomyxoma Peritonei. Clin Cancer Res. 2024 Sep 13;30(18):4082-4099.
  • Casanova-Salas I, Aguilar D, Cordoba-Terreros S, Agundez L, Brandariz J, Herranz N, Mas A, Gonzalez M, Morales-Barrera R, Sierra A, Soriano-Navarro M, Cresta P, Mir G, Simonetti S, Rodrigues G, Arce-Gallego S, Delgado-Serrano L, Agustí I, Castellano-Sanz E, Mast R, de Albert M, Celma A, Santamaria A, Gonzalez L, Castro N, Suanes MDM, Hernández-Losa J, Nonell L, Peinado H, Carles J, Mateo J. Circulating tumor extracellular vesicles to monitor metastatic prostate cancer genomics and transcriptomic evolution. Cancer Cell. 2024 Jul 8;42(7):1301-1312.e7.
  • Pujals M, Mayans C, Bellio C, Méndez O, Greco E, Fasani R, Alemany-Chavarria M, Zamora E, Padilla L, Mitjans F, Nuciforo P, Canals F, Nonell L, Abad M, Saura C, Tabernero J, Villanueva J. RAGE/SNAIL1 signaling drives epithelial-mesenchymal plasticity in metastatic triple-negative breast cancer. Oncogene. 2023 Aug;42(35):2610-2628.
  • Zacarías-Fluck MF, Massó-Vallés D, Giuntini F, González-Larreategui Í, Kaur J, Casacuberta-Serra S, Jauset T, Martínez-Martín S, Martín-Fernández G, Serrano Del Pozo E, Foradada L, Grueso J, Nonell L, Beaulieu ME, Whitfield JR, Soucek L. Reducing MYC’s transcriptional footprint unveils a good prognostic gene signature in melanoma. Genes Dev. 2023 Apr 1;37(7-8):303-320.
  • Martínez-Sabadell A, Morancho B, Rius Ruiz I, Román Alonso M, Ovejero Romero P, Escorihuela M, Chicote I, Palmer HG, Nonell L, Alemany-Chavarria M, Klein C, Bacac M, Arribas J, Arenas EJ. The target antigen determines the mechanism of acquired resistance to T cell-based therapies. Cell Rep. 2022 Oct 18;41(3):111430. 
  • Hernández-Llodrà S, Segalés L, Juanpere N, Marta Lorenzo T, Salido M, Nonell L, David López T, Rodríguez-Vida A, Bellmunt J, Fumadó L, Cecchini L, Lloreta- Trull J. SPOP and CHD1 alterations in prostate cancer: Relationship with PTEN loss, tumor grade, perineural infiltration, and PSA recurrence. Prostate. 2021 Sep 17. doi: 10.1002/pros.24218. Epub ahead of print. PMID: 34533858.
  • Palou-Márquez G, Subirana I, Nonell L, Fernández-Sanlés A, Elosua R. DNA methylation and gene expression integration in cardiovascular disease. Clin Epigenetics. 2021 Apr 9;13(1):75. doi: 10.1186/s13148-021-01064-y. PMID: 33836805; PMCID: PMC8034168.
  • Martín-Sánchez A, Piñero J, Nonell L, Arnal M, Ribe EM, Nevado-Holgado A, Lovestone S, Sanz F, Furlong LI, Valverde O. Comorbidity between Alzheimer’s disease and major depression: a behavioural and transcriptomic characterization study in mice. Alzheimers Res Ther. 2021 Apr 2;13(1):73. doi: 10.1186/s13195-021-00810-x. PMID: 33795014; PMCID: PMC8017643.
  • Puiggros A, Blanco G, Muntasell A, Rodríguez-Rivera M, Nonell L, Altadill M, Puigdecanet E, Arnal M, Calvo X, Gimeno E, Abella E, Abrisqueta P, Bosch F, Yélamos J, Ferrer A, López-Botet M, Espinet B. Reduced expansion of CD94/NKG2C<sup>+</sup> NK cells in chronic lymphocytic leukemia and CLL-like monoclonal B-cell lymphocytosis is not related to increased human cytomegalovirus seronegativity or NKG2C deletions. Int J Lab Hematol. 2021 Oct;43(5):1032-1040. doi: 10.1111/ijlh.13494. Epub 2021 Feb 22. PMID: 33615729.
  • Gil-Gómez G, Fassan M, Nonell L, Garrido M, Climent M, Anglada R, Iglesias M, Guzzardo V, Borga C, Grande L, de Bolós C, Pera M. miR-24-3p regulates CDX2 during intestinalization of cardiac-type epithelium in a human model of Barrett’s esophagus. Dis Esophagus. 2021 Jul 12;34(7):doab005. doi: 10.1093/dote/doab005. PMID: 33558874.
  • Blanco G, Puiggros A, Sherry B, Nonell L, Calvo X, Puigdecanet E, Chiu PY, Kieso Y, Ferrer G, Palacios F, Arnal M, Rodríguez-Rivera M, Gimeno E, Abella E, Rai KR, Abrisqueta P, Bosch F, Calon A, Ferrer A, Chiorazzi N, Espinet B. Chronic lymphocytic leukemia-like monoclonal B-cell lymphocytosis exhibits an increased inflammatory signature that is reduced in early-stage chronic lymphocytic leukemia. Exp Hematol. 2021 Mar;95:68-80. doi: 10.1016/j.exphem.2020.12.007. Epub 2021 Jan 7. PMID: 33421548.
  • Almanza-Aguilera E, Hernáez Á, Corella D, Sanllorente A, Ros E, Portolés O, Valussi J, Estruch R, Coltell O, Subirana I, Canudas S, Razquin C, Blanchart G, Nonell L, Fitó M, Castañer O. Cancer Signaling Transcriptome Is Upregulated in Type 2 Diabetes Mellitus. J Clin Med. 2020 Dec 29;10(1):85. doi: 10.3390/jcm10010085. PMID: 33383630; PMCID: PMC7795776.
  • García-Colmenero L, González J, Sandoval J, Guillén Y, Diaz-Lagares A, Andrades E, Iglesias A, Nonell L, Pujol RM, Bigas A, Espinosa L, Gallardo F. Epigenetic Silencing of Tumor Suppressor miR-124 Directly Supports STAT3 Activation in Cutaneous T-Cell Lymphoma. Cells. 2020 Dec 15;9(12):2692. doi: 10.3390/cells9122692. PMID: 33333886; PMCID: PMC7765332.
  • Segura S, Gadea A, Nonell L, Andrades E, Sánchez S, Pujol R, Hernández-Muñoz I, Toll A. Identification of differentially expressed genes in actinic keratosis samples treated with ingenol mebutate gel. PLoS One. 2020 May 15;15(5):e0232146. doi: 10.1371/journal.pone.0232146. PMID: 32413042; PMCID: PMC7228095.
  • Dégano IR, Camps-Vilaró A, Subirana I, García-Mateo N, Cidad P, Muñoz-Aguayo D, Puigdecanet E, Nonell L, Vila J, Crepaldi FM, de Gonzalo-Calvo D, Llorente-Cortés V, Pérez-García MT, Elosua R, Fitó M, Marrugat J. Association of Circulating microRNAs with Coronary Artery Disease and Usefulness for Reclassification of Healthy Individuals: The REGICOR Study. J Clin Med. 2020 May 9;9(5):1402. doi: 10.3390/jcm9051402. PMID: 32397522; PMCID: PMC7290581.
  • Almanza-Aguilera E, Hernáez A, Corella D, Aguayo DM, Ros E, Portolés O, Valussi J, Estruch R, Coltell O, Subirana I, Salas-Salvadó J, Ruiz-Canela M, de la Torre R, Nonell L, Fitó M, Castañer O. Transcriptional response to a Mediterranean diet intervention exerts a modulatory effect on neuroinflammation signaling pathway. Nutr Neurosci. 2020 Apr 15:1-10. doi: 10.1080/1028415X.2020.1749334. Epub ahead of print. PMID: 32290787.
  • Carrillo-Reixach J, Torrens L, Simon-Coma M, Royo L, Domingo-Sàbat M, Abril-Fornaguera J, Akers N, Sala M, Ragull S, Arnal M, Villalmanzo N, Cairo S, Villanueva A, Kappler R, Garrido M, Guerra L, Sábado C, Guillén G, Mallo M, Piñeyro D, Vázquez-Vitali M, Kuchuk O, Mateos ME, Ramírez G, Santamaría ML, Mozo Y, Soriano A, Grotzer M, Branchereau S, de Andoin NG, López-Ibor B, López-Almaraz R, Salinas JA, Torres B, Hernández F, Uriz JJ, Fabre M, Blanco J, Paris C, Bajčiová V, Laureys G, Masnou H, Clos A, Belendez C, Guettier C, Sumoy L, Planas R, Jordà M, Nonell L, Czauderna P, Morland B, Sia D, Losic B, Buendia MA, Sarrias MR, Llovet JM, Armengol C. Epigenetic footprint enables molecular risk stratification of hepatoblastoma with clinical implications. J Hepatol. 2020 Aug;73(2):328-341. doi: 10.1016/j.jhep.2020.03.025. Epub 2020 Mar 30. PMID: 32240714.
  • Bustamante M, Hernandez-Ferrer C, Tewari A, Sarria Y, Harrison GI, Puigdecanet E, Nonell L, Kang W, Friedländer MR, Estivill X, González JR, Nieuwenhuijsen M, Young AR. Dose and time effects of solar-simulated ultraviolet radiation on the in vivo human skin transcriptome. Br J Dermatol. 2020 Jun;182(6):1458-1468. doi: 10.1111/bjd.18527. Epub 2019 Nov 27. PMID: 31529490; PMCID: PMC7318624.
  • Hardy-Werbin M, Rocha P, Arpi O, Taus Á, Nonell L, Durán X, Villanueva X, Joseph-Pietras D, Nolan L, Danson S, Griffiths R, Lopez-Botet M, Rovira A, Albanell J, Ottensmeier C, Arriola E. Serum cytokine levels as predictive biomarkers of benefit from ipilimumab in small cell lung cancer. Oncoimmunology. 2019 Mar 27;8(6):e1593810. doi: 10.1080/2162402X.2019.1593810. PMID: 31069160; PMCID: PMC6492977.
  • de la Oliva J, Larque AB, Marti C, Bodalo-Torruella M, Nonell L, Nadal A, Castillo P, Sieira R, Ferrer A, Garcia-Diez E, Alos L. Oral premalignant lesions of smokers and non-smokers show similar carcinogenic pathways and outcomes. A clinicopathological and molecular comparative analysis. J Oral Pathol Med. 2021 Mar;50(3):280-286. doi: 10.1111/jop.12864. Epub 2019 Jul 9. PMID: 31006144.
  • García-Díez I, Hernández-Muñoz I, Hernández-Ruiz E, Nonell L, Puigdecanet E, Bódalo-Torruella M, Andrades E, Pujol RM, Toll A. Transcriptome and cytogenetic profiling analysis of matched in situ/invasive cutaneous squamous cell carcinomas from immunocompetent patients. Genes Chromosomes Cancer. 2019 Mar;58(3):164-174. doi: 10.1002/gcc.22712. Epub 2019 Jan 7. PMID: 30474248.
  • Pascual-Reguant L, Blanco E, Galan S, Le Dily F, Cuartero Y, Serra-Bardenys G, Di Carlo V, Iturbide A, Cebrià-Costa JP, Nonell L, de Herreros AG, Di Croce L, Marti-Renom MA, Peiró S. Lamin B1 mapping reveals the existence of dynamic and functional euchromatin lamin B1 domains. Nat Commun. 2018 Aug 24;9(1):3420. doi: 10.1038/s41467-018-05912-z. PMID: 30143639; PMCID: PMC6109041.
  • De-Ugarte L, Serra-Vinardell J, Nonell L, Balcells S, Arnal M, Nogues X, Mellibovsky L, Grinberg D, Diez-Perez A, Garcia-Giralt N. Expression profiling of microRNAs in human bone tissue from postmenopausal women. Hum Cell. 2018 Jan;31(1):33-41. doi: 10.1007/s13577-017-0181-y. Epub 2017 Sep 20. PMID: 28933035.
  • Bustamante M, Hernandez-Ferrer C, Sarria Y, Harrison GI, Nonell L, Kang W, Friedländer MR, Estivill X, González JR, Nieuwenhuijsen M, Young AR. The acute effects of ultraviolet radiation on the blood transcriptome are independent of plasma 25OHD<sub>3</sub>. Environ Res. 2017 Nov;159:239-248. doi: 10.1016/j.envres.2017.07.045. Epub 2017 Sep 18. PMID: 28822308.
  • Garcia-Elias A, Alloza L, Puigdecanet E, Nonell L, Tajes M, Curado J, Enjuanes C, Díaz O, Bruguera J, Martí-Almor J, Comín-Colet J, Benito B. Defining quantification methods and optimizing protocols for microarray hybridization of circulating microRNAs. Sci Rep. 2017 Aug 10;7(1):7725. doi: 10.1038/s41598-017-08134-3. PMID: 28798363; PMCID: PMC5552704.
  • Companioni O, Sanz-Anquela JM, Pardo ML, Puigdecanet E, Nonell L, García N, Parra Blanco V, López C, Andreu V, Cuatrecasas M, Garmendia M, Gisbert JP, Gonzalez CA, Sala N. Gene expression study and pathway analysis of histological subtypes of intestinal metaplasia that progress to gastric cancer. PLoS One. 2017 Apr 25;12(4):e0176043. doi: 10.1371/journal.pone.0176043. PMID: 28441455; PMCID: PMC5404762.
  • Giménez-Arnau A, Curto-Barredo L, Nonell L, Puigdecanet E, Yelamos J, Gimeno R, Rüberg S, Santamaria-Babi L, Pujol RM. Transcriptome analysis of severely active chronic spontaneous urticaria shows an overall immunological skin involvement. Allergy. 2017 Nov;72(11):1778-1790. doi: 10.1111/all.13183. Epub 2017 May 26. PMID: 28407332.
  • Colomo L, Vazquez I, Papaleo N, Espinet B, Ferrer A, Franco C, Comerma L, Hernandez S, Calvo X, Salar A, Climent F, Mate JL, Forcada P, Mozos A, Nonell L, Martinez A, Carrio A, Costa D, Dlouhy I, Salaverria I, Martin-Subero JI, Lopez-Guillermo A, Valera A, Campo E; Grup per l’Estudi dels Limfomes de Catalunya i Balears (GELCAB). LMO2-negative Expression Predicts the Presence of MYC Translocations in Aggressive B-Cell Lymphomas. Am J Surg Pathol. 2017 Jul;41(7):877-886. doi: 10.1097/PAS.0000000000000839. Erratum in: Am J Surg Pathol. 2019 Mar;43(3):434. PMID: 28288039.
  • Alonso S, Mayol X, Nonell L, Salvans S, Pascual M, Pera M; Colorectal Cancer Research Group (Hospital del Mar Medical Research Institute). Peripheral blood leucocytes show differential expression of tumour progression-related genes in colorectal cancer patients who have a postoperative intra-abdominal infection: a prospective matched cohort study. Colorectal Dis. 2017 May;19(5):O115-O125. doi: 10.1111/codi.13635. PMID: 28214365.
  • Lloreta J, Font-Tello A, Juanpere N, Frances A, Lorenzo M, Nonell L, de Muga S, Vázquez I, Cecchini L, Hernández-Llodrà S. FOXO1 down-regulation is associated with worse outcome in bladder cancer and adds significant prognostic information to p53 overexpression. Hum Pathol. 2017 Apr;62:222-231. doi: 10.1016/j.humpath.2016.12.022. Epub 2017 Jan 11. PMID: 28087474.
  • Nomdedéu JF, Puigdecanet E, Bussaglia E, Hernández JJ, Carricondo M, Estivill C, Martí-Tutusaus JM, Tormo M, Zamora L, Serrano E, Perea G, de Llano MPQ, García A, Sánchez-Ortega I, Ribera JM, Nonell L, Aventin A, Solé F, Brunet MS, Sierra J. Feasibility of the AML profiler (Skyline™ Array) for patient risk stratification in a multicentre trial: a preliminary comparison with the conventional approach. Hematol Oncol. 2017 Dec;35(4):778-788. doi: 10.1002/hon.2304. Epub 2016 May 3. PMID: 27140599.
  • Nicolle D, Fabre M, Simon-Coma M, Gorse A, Kappler R, Nonell L, Mallo M, Haidar H, Déas O, Mussini C, Guettier C, Redon MJ, Brugières L, Ghigna MR, Fadel E, Galmiche-Rolland L, Chardot C, Judde JG, Armengol C, Branchereau S, Cairo S. Patient-derived mouse xenografts from pediatric liver cancer predict tumor recurrence and advise clinical management. Hepatology. 2016 Oct;64(4):1121-35. doi: 10.1002/hep.28621. Epub 2016 Jun 16. PMID: 27115099.
  • Pavlovic M, Arnal-Estapé A, Rojo F, Bellmunt A, Tarragona M, Guiu M, Planet E, Garcia-Albéniz X, Morales M, Urosevic J, Gawrzak S, Rovira A, Prat A, Nonell L, Lluch A, Jean-Mairet J, Coleman R, Albanell J, Gomis RR. Enhanced MAF Oncogene Expression and Breast Cancer Bone Metastasis. J Natl Cancer Inst. 2015 Sep 15;107(12):djv256. doi: 10.1093/jnci/djv256. PMID: 26376684; PMCID: PMC4681582.
  • Ortega FJ, Mercader JM, Moreno-Navarrete JM, Nonell L, Puigdecanet E, Rodriquez-Hermosa JI, Rovira O, Xifra G, Guerra E, Moreno M, Mayas D, Moreno- Castellanos N, Fernández-Formoso JA, Ricart W, Tinahones FJ, Torrents D, Malagón MM, Fernández-Real JM. Surgery-Induced Weight Loss Is Associated With the Downregulation of Genes Targeted by MicroRNAs in Adipose Tissue. J Clin Endocrinol Metab. 2015 Nov;100(11):E1467-76. doi: 10.1210/jc.2015-2357. Epub 2015 Aug 7. PMID: 26252355.
  • de la Chica RA, de Lara À, Nonell L, Clusellas N. Structural chromosome rearrangements in prenatal diagnosis: results from a Spanish database. Eur J Obstet Gynecol Reprod Biol. 2015 Nov;194:252-4. doi: 10.1016/j.ejogrb.2015.07.004. Epub 2015 Jul 17. PMID: 26227736.
  • Gallardo F, Padrón A, Garcia-Carbonell R, Rius C, González-Perez A, Arumí-Uria M, Iglesias M, Nonell L, Bellosillo B, Segura S, Pujol RM, Lopez-Bigas N, Bertran J, Bigas A, Espinosa L. Cytoplasmic accumulation of NCoR in malignant melanoma: consequences of altered gene repression and prognostic significance.Oncotarget. 2015 Apr 20;6(11):9284-94. doi: 10.18632/oncotarget.3252. PMID: 25823659; PMCID: PMC4496217.
  • Sandoval J, Díaz-Lagares A, Salgado R, Servitje O, Climent F, Ortiz-Romero PL, Pérez-Ferriols A, Garcia-Muret MP, Estrach T, Garcia M, Nonell L, Esteller M, Pujol RM, Espinet B, Gallardo F. MicroRNA expression profiling and DNA methylation signature for deregulated microRNA in cutaneous T-cell lymphoma. J Invest Dermatol. 2015 Apr;135(4):1128-1137. doi: 10.1038/jid.2014.487. Epub 2014 Nov 18. PMID: 25405321.
  • Nadal R, Salido M, Nonell L, Rodríguez-Rivera M, Puigdecanet E, Garcia-Puche JL, Macià M, Corominas JM, Serrano MJ, Lorente JA, Solé F. Combined analysis of copy number alterations by single-nucleotide polymorphism array and MYC status in non-metastatic breast cancer patients: comparison according to the circulating tumor cell status. Tumour Biol. 2015 Feb;36(2):711-8. doi: 10.1007/s13277-014-2668-4. Epub 2014 Oct 7. PMID: 25286758.
  • Espinet B, Ferrer A, Bellosillo B, Nonell L, Salar A, Fernández-Rodríguez C, Puigdecanet E, Gimeno J, Garcia-Garcia M, Vela MC, Luño E, Collado R, Navarro JT, de la Banda E, Abrisqueta P, Arenillas L, Serrano C, Lloreta J, Miñana B, Cerutti A, Florensa L, Orfao A, Sanz F, Solé F, Dominguez-Sola D, Serrano S. Distinction between asymptomatic monoclonal B-cell lymphocytosis with cyclin D1 overexpression and mantle cell lymphoma: from molecular profiling to flow cytometry. Clin Cancer Res. 2014 Feb 15;20(4):1007-19. doi: 10.1158/1078-0432.CCR-13-1077. Epub 2013 Dec 18. PMID: 24352646; PMCID: PMC4488901.
  • Rojo F, Domingo L, Sala M, Zazo S, Chamizo C, Menendez S, Arpi O, Corominas JM, Bragado R, Servitja S, Tusquets I, Nonell L, Macià F, Martínez J, Rovira A, Albanell J, Castells X. Gene expression profiling in true interval breast cancer reveals overactivation of the mTOR signaling pathway. Cancer Epidemiol Biomarkers Prev. 2014 Feb;23(2):288-99. doi: 10.1158/1055-9965.EPI-13-0761. Epub 2013 Dec 17. PMID: 24347552.
  • Castañer O, Corella D, Covas MI, Sorlí JV, Subirana I, Flores-Mateo G, Nonell L, Bulló M, de la Torre R, Portolés O, Fitó M; PREDIMED study investigators. In vivo transcriptomic profile after a Mediterranean diet in high-cardiovascular risk patients: a randomized controlled trial. Am J Clin Nutr. 2013 Sep;98(3):845-53. doi: 10.3945/ajcn.113.060582. Epub 2013 Jul 31. PMID: 23902780.
  • Prat-Vidal C, Gálvez-Montón C, Nonell L, Puigdecanet E, Astier L, Solé F, Bayes-Genis A. Identification of temporal and region-specific myocardial gene expression patterns in response to infarction in swine. PLoS One. 2013;8(1):e54785. doi: 10.1371/journal.pone.0054785. Epub 2013 Jan 25. PMID: 23372767; PMCID: PMC3556027.
  • Agell L, Hernández S, Nonell L, Lorenzo M, Puigdecanet E, de Muga S, Juanpere N, Bermudo R, Fernández PL, Lorente JA, Serrano S, Lloreta J. A 12-gene expression signature is associated with aggressive histological in prostate cancer: SEC14L1 and TCEB1 genes are potential markers of progression. Am J Pathol. 2012 Nov;181(5):1585-94. doi: 10.1016/j.ajpath.2012.08.005. Erratum in: Am J Pathol. 2013 Feb;182(2):610. PMID: 23083832.
  • Puiggros A, Puigdecanet E, Salido M, Ferrer A, Abella E, Gimeno E, Nonell L, Herranz MJ, Galván AB, Rodríguez-Rivera M, Melero C, Pairet S, Bellosillo B, Serrano S, Florensa L, Solé F, Espinet B. Genomic arrays in chronic lymphocytic leukemia routine clinical practice: are we ready to substitute conventional cytogenetics and fluorescence in situ hybridization techniques? Leuk Lymphoma. 2013 May;54(5):986-95. doi: 10.3109/10428194.2012.731598. Epub 2012 Oct 16. PMID: 22994157.
  • Malhotra S, Bustamante MF, Pérez-Miralles F, Rio J, Ruiz de Villa MC, Vegas E, Nonell L, Deisenhammer F, Fissolo N, Nurtdinov RN, Montalban X, Comabella M. Search for specific biomarkers of IFNβ bioactivity in patients with multiple sclerosis. PLoS One. 2011;6(8):e23634. doi: 10.1371/journal.pone.0023634. Epub 2011 Aug 23. PMID: 21886806; PMCID: PMC3160307.
  • Comabella M, Lünemann JD, Río J, Sánchez A, López C, Julià E, Fernández M, Nonell L, Camiña-Tato M, Deisenhammer F, Caballero E, Tortola MT, Prinz M, Montalban X, Martin R. A type I interferon signature in monocytes is associated with poor response to interferon-beta in multiple sclerosis. Brain. 2009 Dec;132(Pt 12):3353-65. doi: 10.1093/brain/awp228. PMID: 19741051.
  • Comabella M, Río J, Espejo C, Ruiz de Villa M, Al-Zayat H, Nos C, Deisenhammer F, Baranzini SE, Nonell L, López C, Julià E, Oksenberg JR, Montalban X. Changes in matrix metalloproteinases and their inhibitors during interferon-beta treatment in multiple sclerosis. Clin Immunol. 2009 Feb;130(2):145-50. doi: 10.1016/j.clim.2008.09.010. Epub 2008 Oct 21. PMID: 18945642.
Privacy Preferences
When you visit our website, it may store information through your browser from specific services, usually in form of cookies. Here you can change your privacy preferences. Please note that blocking some types of cookies may impact your experience on our website and the services we offer.
Privacy Policy
You have read and agreed to our privacy policy
Required