
El nostre grup estudia l’heterogeneïtat del càncer a nivell genètic i d’estat cel·lular. Des d’una perspectiva genètica, ens centrem a comprendre els canvis cromosòmics a gran escala coneguts com a alteracions del nombre de còpies (CNA, per les seves sigles en anglès). Combinem estratègies d’enginyeria genòmica d’última generació per desentranyar els mecanismes mitjançant els quals les CNA permeten a les cèl·lules canceroses disseminar-se i resistir les teràpies.
Estem especialment interessats en el paper d’aquestes alteracions en la vigilància immunitària, l’heterogeneïtat tumoral i l’evolució del genoma del càncer. Així mateix, aprofitem la nostra experiència en enginyeria genòmica per dissenyar noves estratègies que permetin visualitzar, rastrejar i disseccionar la funció d’estats cel·lulars complexos en el càncer. El nostre objectiu és comprendre com l’heterogeneïtat genètica i fenotípica impulsa la progressió del càncer i la resistència a les teràpies. El nostre objectiu final és identificar els principis subjacents que governen l’heterogeneïtat del càncer i utilitzar aquest coneixement per dissenyar noves estratègies terapèutiques que permetin controlar la malaltia i millorar l’atenció als pacients.

-
Comprendre el paper de les CNAs com a mecanismes d’evasió immune i reprogramació epigenètica.
-
Identificar l’efecte de les CNAs en l’heterogeneïtat tumoral.
-
Analitzar la contribució de les CNAs i la ploidia en la configuració de l’evolució del genoma del càncer.
-
Desxifrar la biologia d’estats cel·lulars únics mitjançant models genètics combinatoris in vivo.
Cap de Grup
Francisco “Pancho” Barriga
Cap de laboratori
Xieng Chen Wang
Bioinformàtica
Gaia Grasso
Becari postdoctoral
Etna Abad
Dario Ruiz
Estudiants de doctorat
Sofía Calpe
Golsa Jahangiri
Matea Katić
Claudia Yañez
- Chaves-Perez A, Millman SE, Janaki-Raman S, Ho YJ, Hinterleitner C, Barthet VJA, Morris JP 4th, Barriga FM, Reyes J, Kyaw A, Pasolli HA, Pe’er D, Thompson CB, Finley LWS, Cross JR, Lowe SW. Metabolic adaptations direct cell fate during tissue regeneration. Nature. 2025 Jul;643(8071):468-477. Erratum in: Nature. 2025 Jul;643(8072):E15.
- Duffié R, Shayya H, Escamilla Del Arenal M, Wang M, Kahiapo J, Ugurbil A, Keskin A, Clowney F, Bashkirova EV, Pourmorady AD, Schieren I, Avila HI, Berchowitz LE, Barriga FM, Batlle E, Jovanovic M, Lomvardas S. Mex3a-dependent post-transcriptional silencing ensures olfactory receptor diversity and axon guidance specificity. Cell Rep. 2025 Aug 26;44(8):115979.
- Zhao X, Liu B, William WN, Tsanov KM, Ho YJ, Barriga FM, Lim RJ, Trifas M, Khandekar A, Du Y, Lowe SW, Dubinett SM, Davoli T, Lippman SM. Interferon Epsilon Loss Is Elusive 9p21 Link to Immune-Cold Tumors, Resistant to Immune Checkpoint Therapy, and Endogenous CXCL9/10 Induction. J Thorac Oncol. 2025 Sep;20(9):1177-1236.
- Tsanov KM, Barriga FM, Ho YJ, Alonso-Curbelo D, Livshits G, Tian S, Koche RP, Baslan T, Simon J, Wuest AN, Reyes J, Park J, Luan W, Wilkinson JE, Bhanot U, Ray-Kirton J, Masilionis I, Dimitrova N, Iacobuzio-Donahue CA, Chaligné R, Pe’er D, Massagué J, Lowe SW. SMAD4 induces opposite effects on metastatic growth from pancreatic tumors depending on the organ of residence. Nat Cancer. 2025 Nov;6(11):1839-1856.
- Barriga FM*, Lowe SW. Barriga FM, Lowe SW. Engineering megabase-sized genomic deletions with MACHETE (Molecular Alteration of Chromosomes with Engineered Tandem Elements). Nat Protoc. 2024 May;19(5):1381-1399. *Corresponding author. “My Bibliography” at the NCBI
- Tsanov KM, Barriga FM, Ho YJ, Alonso-Curbelo D, Livshits G, Koche RP, Baslan T, Simon J, Tian S, Wuest AN, Luan W, Wilkinson JE, Masilionis I, Dimitrova N, Iacobuzio-Donahue CA, Chaligné R, Pe’er D, Massagué J, Lowe SW. Metastatic site influences driver gene function in pancreatic cancer. bioRxiv [Preprint]. 2024 Mar 18:2024.03.17.585402.
- Barriga FM. Studying large genomic deletions with MACHETE. Nat Rev Cancer. 2023 May;23(5):271.
- Reference: CNS2023-144041. Title: Unraveling the function of anti-tumor immune cell states through combinatorial genetics – IMMUNE_TRACE. Funding Entity: Agencia Estatal de Investigación. Ministerio de Ciencia e Innovación. VHIO Funding Period: 1/04/2024-31/03/2026. PI: Francisco Barriga. Ayuda cofinanciada por la Unión Europea Next Generation EU – Plan de Recuperación Transformación y Resilencia
- Reference: RYC2022-037389-I Title: Dissecting the function of copy number alterations in cancer. Funding Entity – Call: Agencia Estatal de Investigación – Ayuda Ramón y Cajal 2022 PI/Institution: Francisco Barriga, PhD / VHIO Funding Period: January 2024 – December 2028
- Reference: PID2022-141256OA-I00 (Acronym: EPI-MHC) Title: Dissecting the epigenetic effects of MHC cluster deletion in pancreas cancer Funding Entity – Call: Agencia Estatal de Investigación – Proyectos de Generación de Conocimiento 2022 PI/Institution: Francisco M. Barriga, PhD / VHIO Funding Period: September 2023 – August 2026
- Reference: CNS2023-144041 Title: Unravelling the function of anti-tumor immune cell states through combinatorial genetics Funding Entity – Call: Agencia Estatal de Investigación – Consolidación Investigadora 2023 PI/Institution: Francisco M. Barriga, PhD / VHIO Funding Period: April 2024 – March 2026
- Reference: Beca FERO Title: Dissecting the epigenetic and immune effects of MHC LOH in ovarian cancer. Funding Entity – Call: Fundación FERO – XXVI Beca FERO PI/Institution: Francisco M. Barriga, PhD / VHIO Funding Period: October 2024 – September 2026
- ERC Starting Grant Acronym: MACHETE. Reference: PID2022-141256OA-I00. Title: Dissecting the epigenetic effects of MHC cluster deletion in pancreas cancer (EPI-MHC). Funding Entity: Agencia Estatal de Investigación – Ministerio de Ciencia e Innovación. PI: Pancho Barriga. VHIO Funding period: 01/09/2023 – 31/08/2026.
Título: Unraveling the function of anti-tumor immune cell states through combinatorial genetics – IMMUNE_TRACE
Referencia: CNS2023-144041
Entidad Financiadora: Agencia Estatal de Investigación. Ministerio de Ciencia e Innovación
Periodo de Ejecución: 1/04/2024-31/03/2026
PI: Francisco Barriga
Ayuda cofinanciada por la Unión Europea Next Generation EU – Plan de Recuperación Transformación y Resilencia
![]()
ERC
Edward P Evans Foundation
