19th Ave New York, NY 95822, USA

Grup d’Enginyeria Genòmica del Càncer

VHIO Cancer Genome Engineering Cancer Group

El nostre grup estudia l’heterogeneïtat del càncer a nivell genètic i d’estat cel·lular. Des d’una perspectiva genètica, ens centrem a comprendre els canvis cromosòmics a gran escala coneguts com a alteracions del nombre de còpies (CNA, per les seves sigles en anglès). Combinem estratègies d’enginyeria genòmica d’última generació per desentranyar els mecanismes mitjançant els quals les CNA permeten a les cèl·lules canceroses disseminar-se i resistir les teràpies.

Estem especialment interessats en el paper d’aquestes alteracions en la vigilància immunitària, l’heterogeneïtat tumoral i l’evolució del genoma del càncer. Així mateix, aprofitem la nostra experiència en enginyeria genòmica per dissenyar noves estratègies que permetin visualitzar, rastrejar i disseccionar la funció d’estats cel·lulars complexos en el càncer. El nostre objectiu és comprendre com l’heterogeneïtat genètica i fenotípica impulsa la progressió del càncer i la resistència a les teràpies. El nostre objectiu final és identificar els principis subjacents que governen l’heterogeneïtat del càncer i utilitzar aquest coneixement per dissenyar noves estratègies terapèutiques que permetin controlar la malaltia i millorar l’atenció als pacients.


Figura: El laboratori d’Enginyeria del Genoma del Càncer de VHIO se centra a comprendre l’heterogeneïtat del càncer a nivell genètic i fenotípic. Des de la perspectiva de la genètica del càncer, estudiem la biologia dels canvis cromosòmics a gran escala denominats alteracions del nombre de còpies (CNA). En concret, estudiem l’adenocarcinoma ductal pancreàtic i el càncer d’ovari serós d’alt grau, dues malalties de mal pronòstic que continuen representant necessitats clíniques no cobertes. El nostre enfocament combina models in vivo de càncer amb mètodes de genètica i enginyeria genòmica per modelitzar i desxifrar la biologia d’aquests processos complexos. Ens centrem a disseccionar com l’heterogeneïtat tumoral altera el sistema immunitari, permet la progressió de la malaltia i promou la resistència a les teràpies. El nostre objectiu és comprendre i abordar terapèuticament aquests processos per oferir nous paradigmes terapèutics i millorar l’atenció als pacients.
VHIO Pancho Barriga
Francisco Barriga
Cap de Grup
  • Comprendre el paper de les CNAs com a mecanismes d’evasió immune i reprogramació epigenètica.

  • Identificar l’efecte de les CNAs en l’heterogeneïtat tumoral.

  • Analitzar la contribució de les CNAs i la ploidia en la configuració de l’evolució del genoma del càncer.

  • Desxifrar la biologia d’estats cel·lulars únics mitjançant models genètics combinatoris in vivo.

Cap de Grup
Francisco “Pancho” Barriga
Cap de laboratori
Xieng Chen Wang
Bioinformàtica
Gaia Grasso
Becari postdoctoral
Etna Abad
Dario Ruiz
Estudiants de doctorat
Sofía Calpe
Golsa Jahangiri
Matea Katić
Claudia Yañez
  • Chaves-Perez A, Millman SE, Janaki-Raman S, Ho YJ, Hinterleitner C, Barthet VJA, Morris JP 4th, Barriga FM, Reyes J, Kyaw A, Pasolli HA, Pe’er D, Thompson CB, Finley LWS, Cross JR, Lowe SW. Metabolic adaptations direct cell fate during tissue regeneration. Nature. 2025 Jul;643(8071):468-477. Erratum in: Nature. 2025 Jul;643(8072):E15.
  • Duffié R, Shayya H, Escamilla Del Arenal M, Wang M, Kahiapo J, Ugurbil A, Keskin A, Clowney F, Bashkirova EV, Pourmorady AD, Schieren I, Avila HI, Berchowitz LE, Barriga FM, Batlle E, Jovanovic M, Lomvardas S. Mex3a-dependent post-transcriptional silencing ensures olfactory receptor diversity and axon guidance specificity. Cell Rep. 2025 Aug 26;44(8):115979.
  • Zhao X, Liu B, William WN, Tsanov KM, Ho YJ, Barriga FM, Lim RJ, Trifas M, Khandekar A, Du Y, Lowe SW, Dubinett SM, Davoli T, Lippman SM. Interferon Epsilon Loss Is Elusive 9p21 Link to Immune-Cold Tumors, Resistant to Immune Checkpoint Therapy, and Endogenous CXCL9/10 Induction. J Thorac Oncol. 2025 Sep;20(9):1177-1236.
  • Tsanov KM, Barriga FM, Ho YJ, Alonso-Curbelo D, Livshits G, Tian S, Koche RP, Baslan T, Simon J, Wuest AN, Reyes J, Park J, Luan W, Wilkinson JE, Bhanot U, Ray-Kirton J, Masilionis I, Dimitrova N, Iacobuzio-Donahue CA, Chaligné R, Pe’er D, Massagué J, Lowe SW. SMAD4 induces opposite effects on metastatic growth from pancreatic tumors depending on the organ of residence. Nat Cancer. 2025 Nov;6(11):1839-1856.
  • Barriga FM*, Lowe SW. Barriga FM, Lowe SW. Engineering megabase-sized genomic deletions with MACHETE (Molecular Alteration of Chromosomes with Engineered Tandem Elements). Nat Protoc. 2024 May;19(5):1381-1399. *Corresponding author. “My Bibliography” at the NCBI
  • Tsanov KM, Barriga FM, Ho YJ, Alonso-Curbelo D, Livshits G, Koche RP, Baslan T, Simon J, Tian S, Wuest AN, Luan W, Wilkinson JE, Masilionis I, Dimitrova N, Iacobuzio-Donahue CA, Chaligné R, Pe’er D, Massagué J, Lowe SW. Metastatic site influences driver gene function in pancreatic cancer. bioRxiv [Preprint]. 2024 Mar 18:2024.03.17.585402.
  • Barriga FM. Studying large genomic deletions with MACHETE. Nat Rev Cancer. 2023 May;23(5):271.
  • Reference: CNS2023-144041. Title: Unraveling the function of anti-tumor immune cell states through combinatorial genetics – IMMUNE_TRACE. Funding Entity: Agencia Estatal de Investigación. Ministerio de Ciencia e Innovación. VHIO Funding Period: 1/04/2024-31/03/2026. PI: Francisco Barriga. Ayuda cofinanciada por la Unión Europea Next Generation EU – Plan de Recuperación Transformación y Resilencia

  • Reference: RYC2022-037389-I Title: Dissecting the function of copy number alterations in cancer. Funding Entity – Call: Agencia Estatal de Investigación – Ayuda Ramón y Cajal 2022 PI/Institution: Francisco Barriga, PhD / VHIO Funding Period: January 2024 – December 2028
  • Reference: PID2022-141256OA-I00 (Acronym: EPI-MHC) Title: Dissecting the epigenetic effects of MHC cluster deletion in pancreas cancer Funding Entity – Call: Agencia Estatal de Investigación – Proyectos de Generación de Conocimiento 2022 PI/Institution: Francisco M. Barriga, PhD / VHIO Funding Period: September 2023 – August 2026
  • Reference: CNS2023-144041 Title: Unravelling the function of anti-tumor immune cell states through combinatorial genetics Funding Entity – Call: Agencia Estatal de Investigación – Consolidación Investigadora 2023 PI/Institution: Francisco M. Barriga, PhD / VHIO Funding Period: April 2024 – March 2026
  • Reference: Beca FERO Title: Dissecting the epigenetic and immune effects of MHC LOH in ovarian cancer. Funding Entity – Call: Fundación FERO – XXVI Beca FERO PI/Institution: Francisco M. Barriga, PhD / VHIO Funding Period: October 2024 – September 2026
  • ERC Starting Grant Acronym: MACHETE. Reference: PID2022-141256OA-I00. Title: Dissecting the epigenetic effects of MHC cluster deletion in pancreas cancer (EPI-MHC). Funding Entity: Agencia Estatal de Investigación – Ministerio de Ciencia e Innovación. PI: Pancho Barriga. VHIO Funding period: 01/09/2023 – 31/08/2026.

Título: Unraveling the function of anti-tumor immune cell states through combinatorial genetics – IMMUNE_TRACE
Referencia: CNS2023-144041
Entidad Financiadora: Agencia Estatal de Investigación. Ministerio de Ciencia e Innovación
Periodo de Ejecución: 1/04/2024-31/03/2026
PI: Francisco Barriga
Ayuda cofinanciada por la Unión Europea Next Generation EU – Plan de Recuperación Transformación y Resilencia

 

ERC
Edward P Evans Foundation

Privacy Preferences
When you visit our website, it may store information through your browser from specific services, usually in form of cookies. Here you can change your privacy preferences. Please note that blocking some types of cookies may impact your experience on our website and the services we offer.