En estreta col·laboració amb diversos grups de recerca del VHIO, la Unitat d’Enginyeria de Dades per a la Recerca se centra en l’estandardització, la integració i la digitalització de dades biomèdiques. A més de contribuir activament a diversos projectes de recerca, la Unitat desenvolupa i manté infraestructures i entorns robustos que donen suport a l’emmagatzematge, l’accessibilitat, la interoperabilitat i la governança institucional de les dades.
La Unitat gestiona una àmplia varietat de tipus de dades, incloses dades clíniques, òmiques, d’imatge i altres conjunts de dades biomèdiques, amb l’objectiu de maximitzar-ne la usabilitat i el valor per a la recerca, alhora que proporciona als investigadors les eines i el suport adequats. L’equip també contribueix a la definició i implementació de Plans de Gestió de Dades (DMP, per les sigles en anglès), garantint el compliment dels requisits institucionals i normatius en matèria de gestió de dades al llarg de tot el seu cicle de vida.
Mitjançant el disseny i la implementació de processos ETL (extracció, transformació i càrrega), el desenvolupament de bases de dades estructurades i interoperables, la integració de fonts de dades heterogènies i la creació i el manteniment de solucions de programari especialitzades, la Unitat proporciona un marc fiable que permet als investigadors generar, gestionar i explotar les dades de recerca de manera eficient.
La Unitat està impulsant activament iniciatives basades en la intel·ligència artificial (IA), entre les quals hi ha el desenvolupament d’eines per identificar assaigs clínics adequats i donar suport al reclutament de pacients, així com la implementació de models de llenguatge de gran escala (LLM) per estructurar i extreure informació de notes clíniques no estructurades. Aquestes iniciatives tenen com a objectiu millorar la usabilitat de les dades, agilitzar els processos de recerca clínica i contribuir a l’avenç de l’oncologia de precisió.
- Avançar en l’estandardització institucional de les dades clíniques mitjançant l’ampliació del model comú de dades OMOP i l’adopció de pràctiques de governança de dades alineades amb els principis FAIR.
- Consolidar i ampliar el llac de dades del VHIO (VHIO-Lake) com un entorn segur i interoperable que integri dades clíniques, moleculars, d’imatge, de farmàcia i d’assaigs clínics.
- Reforçar la interoperabilitat de les dades entre els sistemes institucionals mitjançant processos ETL escalables, bases de dades estructurades i plataformes digitals harmonitzades.
- Millorar l’exploració i la visualització avançades de dades mitjançant eines integradores, com ara cBioPortal i OMERO, per donar suport a la recerca translacional i a l’oncologia de precisió.
- Ampliar les iniciatives basades en intel·ligència artificial, inclosa l’estructuració de notes clíniques mitjançant models de llenguatge de gran escala (LLM) i el desenvolupament d’eines intel·ligents per identificar pacients candidats a assaigs clínics.
- Desenvolupar solucions digitals adaptades per donar suport a la recollida de dades de recerca, el seguiment de pacients i les necessitats institucionals específiques de cada projecte.
Cap de grup
Anna Pedrola
Enginyeres de Dades Biomèdiques
Marina Arias
Carlota Gozalbo
Mario Sánchez
Enginyera de Dades d’Imatge
Cristina Villaseca
Gestora de Dades
Clara Vallés
Publicacions científiques més rellevants
- Pedrola A, Franch-Expósito S, Lahoz S, Esteban-Fabró R, Dienstmann R, Bassaganyas L, et al. PCIG: a web-based application to explore immune-genomics interactions across cancer types. Bioinformatics. 2022 Apr 15;38(8):2374–2376.
- Matos I, Villacampa G, Hierro C, Martin-Liberal J, Berché R, Pedrola A, et al. Phase I prognostic online (PIPO): A web tool to improve patient selection for oncology early phase clinical trials. Eur J Cancer. 2021 Sep;155:168–78.
- Cedres, S., Assaf, J. D., Iranzo, P., Callejo, A., Pardo, N., Navarro, A., Martinez-Marti, A., Marmolejo, D., Rezqallah, A., Carbonell, C., Frigola, J., Amat, R., Pedrola, A., Dienstmann, R., & Felip, E. (2021). Efficacy of chemotherapy for malignant pleural mesothelioma according to histology in a real-world cohort. Scientific reports, 11(1), 21357.
- Mirallas, O., Martin-Cullell, B., Navarro, V., Vega, K.S., Recuero-Borau, J., Gómez-Puerto, D., López-Valbuena, D., de Torres, C.S., Andurell, L., Pedrola, A. and Berché, R., 2024. Development of a prognostic model to predict 90-day mortality in hospitalised cancer patients (PROMISE tool): a prospective observational study. The Lancet Regional Health–Europe.
- SYNTHIA: Synthetic Data Generation Framework for Integrated Validation of Use Cases and AI Healthcare Applications. Funded by the European Commission. 01/09/2024-31/08/2029. PI: Rodrigo Dienstmann.
- Cancer Core Europe (CCE). Founded in 2014, this consortium comprises seven leading European comprehensive cancer centers, including VHIO, to accelerate the development of innovative cancer therapies through close collaboration in translational and clinical research.
- The EU-funded CCE Building Data Rich Clinical Trials (CCE_DART) is an innovative project dedicated to deliver novel methods for the design and implementation of newer, more efficient and effective clinical trials in oncology.
- Historia clínica Inteligente: Transformando Notas Clínicas en Datos Estructurado.
- EU-funded AI4Lungs project: AI-Based Personalised Care for Respiratory Disease using Multi-Modal Data in Patient Stratification.
- American Association for Cancer Research (AACR) Project GENIE® (Genomics Evidence Neoplasia Information Exchange).
- PROLoNg: Phase III randomized study evaluating Pembrolizumab combined with radiotherapy for oligometastatic squamous cell carcinoma of the head and neck.
- REDEcon: Strategic Advisory Network on Cancer Policies (Red ECON), aims to bridge the scientific-health ecosystem and Spanish authorities by developing national data frameworks, R&D&I strategies, and recommendations to optimize patient care and research integration.
- EUnetCCC: European Network of Cancer Centres (EUnetCCC), aiming to foster collaboration among leading cancer centers across Europe to harmonize data sharing, promote best practices, and support multicenter research initiatives in oncology.
