Grup d’Immunogènomica computacional

El nostre grup se centra a avançar en el coneixement de la base genòmica de la tumorogènesi i la seva interacció amb el sistema immunitari. Realitzem anàlisis genòmiques de tumors a gran escala, combinats amb un perfil complet del microambient immunitari del tumor, per comprendre millor la interacció entre el tumor i el sistema immunitari. El nostre objectiu final és aprofitar aquest coneixement per millorar el desenvolupament clínic d’immunoteràpies personalitzades.

El càncer es caracteritza per un creixement descontrolat de cèl·lules que no són eliminades pel sistema immunitari. Cada tumor té una composició única d’alteracions genòmiques adquirides al llarg de l’evolució del clon tumorigen. Tot i que els tumors solen albergar entre centenars i milers d’alteracions genòmiques, només unes poques són responsables del procés tumorigen (les anomenades «impulsores»). Les alteracions impulsores tendeixen a ser específiques de cada tipus de càncer (Martínez-Jiménez et al. 2020) i, en general, es conserven entre les lesions primàries i metastàsiques (Martínez-Jiménez et al. 2023).

Tanmateix, cada cop està més clar que les alteracions genòmiques tumorals no són els únics promotors del desenvolupament tumoral i la metàstasi. Altres factors, com l’escapament immunitari del càncer, també hi tenen un paper fonamental. En aquest context, ens interessa desenvolupar models computacionals per 1) comprendre millor la interacció entre l’evolució tumoral i el sistema immunitari, i 2) aprofitar aquest coneixement per millorar el desenvolupament clínic d’immunoteràpies personalitzades.

El nostre enfocament es basa en la integració del retrat genòmic dels tumors (basat en la seqüenciació de l’exoma/genoma complet), que inclou la identificació d’alteracions simples i complexes específiques del tumor, la priorització racionalitzada dels neoantígens tumorals i la caracterització de l’estat HLA-I del tumor i altres alteracions d’escapament immunitari; combinat amb una descripció quantitativa del microambient immunitari del tumor (utilitzant la desconvolució immunitària de transcriptòmica/proteòmica a gran escala, el perfil immunitari de cèl·lules individuals i geoespacial, i la seqüenciació del TCR). A tall d’exemple, recentment hem realitzat una anàlisi a gran escala de la prevalença i l’impacte de les alteracions genètiques d’escapament immunitari en més de 6000 tumors primaris i metastàtics (Martínez-Jiménez, Priestley et al. 2023).

Gràcies a la nostra estreta col·laboració amb la Fundació Mèdica Hartwig, tenim accés a un dels majors recursos de tumors seqüenciats amb el genoma complet i transcriptomes tumorals complets (actualment més de 7000 pacients, https://database.hartwigmedicalfoundation.nl/). A més, es generen dades internes per donar suport a la validació de les nostres anàlisis i abordar qüestions específiques que requereixen una anàlisi més detallada.

Des que es va crear el nostre grup VHIO el febrer de 2023, hem obtingut finançament competitiu per donar suport a múltiples projectes, hem participat en diverses conferències nacionals i internacionals i hem publicat cinc articles revisats per parells en revistes de primer nivell.